1.當事人可以到當地人力資源和社會保障局投訴勞動監察；
2.當事人可以向當地人力資源和社會保障局勞動爭議仲裁委員會申請仲裁，要求支付運費。當事人向仲裁委員會提出勞動仲裁申請，仲裁委員會經審查，應當在收到申請之日起五日內作出受理或者不予受理的決定。決定不予受理的，應當自作出決定之日起五日內制作駁回通知書，送達申請人；決定立案的，應當在作出決定之日起五日內向申請人和被申請人發出書面通知。
3.如果當事人有借條，可以直接向法院提起訴訟，要求支付借條上的金額。這個糾紛是民事糾紛。當事人要提起訴訟，需要註意原告與本案有直接利害關系，要有明確的被告，要有具體的訴訟請求、事實和理由。如果運費超過約定的支付時間，就構成違約，可以起訴追償。
勞動仲裁的程序如下:
1.勞動者應當自權益受到損害之日起壹年內向當地勞動仲裁委員會提出勞動仲裁申請；
2.仲裁委員會應當在五日內審理並答復申請人的仲裁申請；
3.由三名仲裁員組成的仲裁庭應當在查明事實的基礎上作出仲裁裁決。
綜上所述，拖欠運費的可以先和欠款人協商。如果協商不成，可以選擇通過調解、仲裁、訴訟等方式維護自己的合法債權。什麽是最有效的治理方式取決於各方的個人意願。
法律依據:
《中華人民共和國勞動合同法》第三十條
勞動報酬用人單位應當按照勞動合同和國家規定，按時足額支付勞動者勞動報酬。
用人單位拖欠或者未足額支付勞動報酬的，勞動者可以依法向當地人民法院申請支付令，人民法院應當依法簽發支付令。
第八十五條
未依法支付勞動報酬和經濟補償的法律責任用人單位有下列情形之壹的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬、加班工資或者經濟補償；勞動報酬低於當地最低工資標準的，支付差額部分；逾期不支付的，責令用人單位按照應付金額50%以上100%以下的標準向勞動者支付賠償金:
(壹)未按照勞動合同的約定或者國家規定及時足額支付勞動者勞動報酬的；
(二)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的；
(三)安排加班而不支付加班費的；
(四)解除或者終止勞動合同，未依照本法規定向勞動者支付經濟補償的。