靈活就業人員社保扣款不通過會再次扣款。靈活就業人員當月社保繳費基數大於最低繳費基數小於最高繳費基數時，繳費比例為靈活就業人員，最低繳費基數×20%。由於靈活就業人員的繳費比例為20%，單次扣除額為最低繳費基數的20%和20%與最高繳費基數的20%和20%的乘積。靈活就業人員月社保繳費基數不高於最低繳費基數，低於最高繳費基數時，單次扣除額為最低繳費基數的20%和20%的乘積。靈活就業人員月社保繳費基數等於最低繳費基數時，單次扣除額為最低繳費基數的20%和20%的乘積。靈活就業人員月社保繳費基數高於最低繳費基數，但不高於最高繳費基數時，單次扣除額為最低繳費基數的20%和20%的乘積。
綜上所述，當銀行卡余額不足以繳納當月社保時，銀行會按照養老、醫療、失業的順序扣錢。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第六十條用人單位應當自行申報並按時足額繳納社會保險費，除因不可抗力等法定原因外，不得緩繳或者減繳。職工應當繳納的社會保險費由用人單位代扣代繳，由用人單位按月告知本人繳納社會保險費的明細。
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加社會保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以直接向社會保險費征繳機構繳納社會保險費。
第六十三條用人單位未按時足額繳納社會保險費的，由社會保險費征收機構責令其限期繳納或者補足。