該館組織了壹批國內外古文字專家，在蒙元時期以各種文物為載體破譯了大量的回鶻語、回鶻蒙古語、八思巴語、古波斯語、敘利亞語等文字，取得了重大突破。其中，回鶻蒙古語的銘文“鐵木真”已被解讀在壹尊玉像上，玉像上也有大量波斯文，正在解讀中。這是目前世界上唯壹的碑文。
元代兵器:該館收藏的大德二年(1298)巴什巴銘文，是世界上已知最早的管射火器。管狀擊發火器的發明和使用改變了世界歷史，這壹偉大發現引起了自治區和全國文化藝術界的高度重視。
館內收藏有蒙元時期的紡織品，如錦緞禦袍、錦緞太陽服、錦緞袖袍等，蒙元歷史上有記載但無實物。以上蒙元時期的三種服裝，都是世界遺孤，無價國寶。
金銀制品，館內現存的兩座銀塔都是世界孤品，其中最大的壹座高90CM以上。
此外，還有壹頁《蒙元通史》記載的銀書，是用回鶻文刻的。這本銀書也是世界的孤兒，國家的瑰寶。
元代的金牌重860克，用漢文和契丹文書寫。據權威專家考證，這枚勛章是成吉思汗西征時命令木華黎出使中原時所贈。目前僅在國內外見到，其歷史文物價值巨大。
此外，館藏還有四體“防0牌”、“巡牌”、獸鈕金印、元代棱形官帽等數十件世界孤品文物。
世界孤本作品的上述性質，是經過國內外眾多文化藝術機構和專家組歷時五年的研究後確認的。其意義非常重大。
對這些藏品進行深入研究，可以有效推動蒙元歷史文化研究的進程，加深對中國古代戰爭軍事史、東西方文化的了解。
交流對歷史的認識，進而實現蒙元歷史文化研究領域的重大突破。
蒙元文化博物館的宗旨是收集和保護民族文物，展示和宣傳民族文化，促進民族歷史研究，發展蒙元文化產業。