農業部《關於加強對農村集體經濟組織征地補償監督管理指導的意見》指出，農村經濟管理部門是農村集體土地補償費的管理部門。目前征地補償資金大多由鄉鎮財政所辦理，基本上由村組自行管理，對征地補償缺乏有效的指導和監督。而且在征地過程中，沒有辦理農民土地承包合同終止、農村土地經營證註銷等相關手續。
第二，成本劃分不清
根據相關法律規定，安置補助費和地上附著物或青苗補償費全部歸被征地農民，土地補償費20%留給集體經濟組織，其余分給農民。目前征地補償只明確了青苗和地上附著物的補償，土地補償和安置補助費的標準並不明確。所以有的村按照征地補償總額的20%歸集體，導致村集體侵占農民利益；有的村按征地補償款總額的2%返還給集體，造成村集體經濟組織資產流失。
第三，分配方案不統壹
現有的法律法規和相關政策對分配對象以及如何在失地農民和其他農民之間進行分配沒有詳細的規定，導致分配方案多種多樣。
第壹，分配目標不夠明確。法律法規規定的分配範圍是指被征地農民或集體經濟組織成員，但對於歷史上形成的“空掛戶”，法律法規沒有相關的細化規定。
二是失地農民與村民小組其他農民之間的分配比例不明確。根據國家征地補償意見精神，土地補償費應主要用於被征地農民的生產生活需要，歸農民個人或集體所有。從目前情況看，由於征地過程中安置補助費和土地補償費標準不明確，劃分不合理，在征地補償中扣除青苗費後全部作為土地補償費用於村民分配。有的村民小組會把征地補償款全部支付給失地農民；有的村民小組以被征地面積年租金乘以剩余承包期30年進行補償，剩余資金按人口平均分配給村民小組內的村民；有的村民小組把征地補償款按壹定比例分配給被征地農民，剩下的在整個小組的村民中平均分配。現有的分配方案五花八門，往往因為村組的人事變動，分配方案也隨之變化，甚至方案的變化有利於村組幹部或其親屬。