(壹)內部審計意識薄弱，內部審計意識薄弱，對內部審計的重要性認識不足，是我國許多企業發展中的重要問題。這將直接影響企業內部審計工作的執行力，難以發揮內部審計的功能和作用。與此同時，仍有許多企業的內部審計獨立性差，審計結果真實性差。很多企業在內部審計中沒有專門的執行人員，將會計人員等同於審計人員，大大降低了會計信息的真實性，使審計監督的職能流於形式。這些問題的存在制約了內部審計的良性發展，難以實現內部審計的重要價值和作用。
(二)相關法律法規不完善。我國在內部審計相關法律法規方面做了大量建設性的工作，對內部審計工作進行了立法和規範。但就目前情況來看，我國內部審計法律法規建設還存在諸多不完善之處，使得依法治理內部審計工作形同虛設。國家審計和社會審計分別有審計法和註冊會計師法，是內部審計的核心法律依據。但是，目前企業內部審計並沒有以這兩部法律為依據。而是選擇國家審計署關於內部控制審計的規定作為依據，使得法律層面明顯偏低，實際操作過程的可操作性嚴重不足。
(3)內部審計人員素質有待提高。目前，我國壹些企業的財務部門和內部審計部門的負責人交叉任職，其監督制度形同虛設。有的企業將內部審計部門和紀檢監察部門合二為壹，開展壹項工作，人員少，工作量大，審計工作無法深入開展。目前，許多企業的內部審計人員數量大多不足，素質普遍不高，專業結構單壹。他們中的壹些人只具備壹定的知識，對國際內部審計準則、內部審計發展、經驗和技術不夠了解，這使得內部審計人員缺乏復合型人才以及處理問題和控制審計工作的能力。這些都讓內部審計人員在工作中感到應接不暇，更難深入發現問題。
(四)內部審計機構缺乏獨立性是中國企業發展中的普遍問題。大多數企業內部審計機構的工作是在高級管理層的領導下進行的，缺乏董事會、監事會等高級執行機構的有力領導和監督，這種管理模式難以有效約束企業各級高級管理層的權力，不僅使內部審計工作的範圍非常有限，而且難以有效獨立監督管理權。同時，現有的內部審計人員大多是在企業內部自行選拔的，這些內部審計人員在大多數情況下必須接受上級的領導和指示，獨立性難以提高。