加班工資屬於勞動報酬，勞動者追償勞動報酬的仲裁時效特殊，自勞動關系解除或者終止之日起1年。如果當事人主張的是兩年前的加班費，且勞動關系仍然存在，或者解除或者終止勞動關系未滿1年，協商不成，雙方可以申請勞動爭議仲裁追償。解除或終止勞動關系1年，無法通過法律途徑恢復。
但根據勞動部《工資支付暫行規定》，用人單位工資單至少保存兩年備查，有的省市規定勞動者兩年前主張的加班費不予支持，有的省市規定有證據證明的予以支持。所以能否通過法律途徑追回，還要看省市的規定。
對於兩年以上加班費的舉證責任，勞動者沒有充分證據證明單位仍保存工資表和考勤表的，應當完全由本人承擔舉證責任。在司法實踐中，如果沒有其他證據支持證人證言，壹般不予采納。
最高人民法院
關於審理勞動爭議案件適用法律若幹問題的解釋(三)
法釋[2010]第12號
第九條要求支付加班工資的勞動者，應當對加班事實的存在承擔舉證責任。但勞動者有證據證明用人單位有加班存在的證據，用人單位未能提供的，由用人單位承擔不利後果。
浙江省高級人民法院
關於審理勞動爭議案件若幹問題的意見(試行)
浙法民壹(2009)3號
第十三條勞動者與用人單位就加班工資發生爭議的，申請仲裁的時效期間為兩年，自當事人知道或者應當知道其權利受到侵害之日起計算；但勞動關系終止的，申請仲裁的時效期間為壹年，自勞動關系終止之日起計算。
山東省高級人民法院勞動爭議仲裁委員會人事爭議仲裁委員會
《關於發布應用意見若幹問題的通知》
魯高發[2010]84號
36.要求支付加班工資的勞動者應當提供加班事實的相關證據。用人單位否認勞動者加班的，用人單位應當對勞動者未加班的事實承擔舉證責任。用人單位以勞動者確認的考勤記錄證明勞動者未加班的，以用人單位的考勤記錄為準。
兩年前勞動者主張加班費，證據確實充分的，應予支持，但法律法規另有規定的除外。