本條例所稱畜禽養殖者，是指畜禽存欄達到50頭以上、20頭以上、50只以上、1000只以上、500只以上、300只以上的具有相當規模的養殖場(戶)和專業養殖場(戶)。第三條自治縣人民政府動物衛生監督行政主管部門依照本條例負責畜禽養殖汙染防治工作，其他有關部門按照各自職責做好相關工作。第四條自治縣人民政府應當制定優惠政策，支持單位和個人集中貯存和綜合利用畜禽養殖廢棄物。
對防治畜禽養殖汙染做出突出貢獻的單位和個人，應當給予獎勵。第五條村民委員會應當根據城鎮規劃和環境保護的要求，確定畜禽養殖廢棄物存放場所，並報自治縣動物衛生監督行政主管部門會同有關部門審批。第六條畜禽養殖應禁止下列行為:
(壹)向河道、溝渠排放畜禽養殖廢棄物的；
(二)在街道、廣場等公共場所存放畜禽養殖廢棄物；
(三)運輸畜禽養殖廢棄物過程中造成汙染的；
(四)在非指定場所排放畜禽養殖廢棄物的其他行為。
畜禽養殖廢棄物是指畜禽糞便、尿液、畜禽舍墊料、畜禽屍體、散落的羽毛以及清洗動物屍體、養殖場所和器具產生的汙水。第七條畜禽養殖者應當按照國家有關規定和標準，對畜禽屍體進行無害化處理。第八條新建養殖場(戶)選址應符合村鎮建設規劃，應符合當地環境承載能力和環境保護的要求。禁止在飲用水水源保護區和村寨人口密集的地區建設養殖場(戶)。已建畜禽養殖場(戶)應限期關閉或搬遷。
新建、擴建、改建畜禽養殖場(戶)必須進行環境影響評價，環境保護設施或者畜禽養殖廢棄物綜合利用設施應當與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。第九條違反本條例規定的，由自治縣動物衛生監督行政部門給予如下處罰:
(壹)違反本條例第六條第(壹)項規定的，責令改正，消除危害，並處以3000元至1000元罰款；違反第(二)項規定的，責令限期改正，並處500元以上1000元以下罰款；違反第(三)項規定的，責令改正，拒不改正的，處以500元以上2000元以下罰款；違反第(四)項規定的，責令改正，並處以300元以上1000元以下罰款。
(二)違反本條例第七條規定的，責令進行無害化處理，拒不處理的，由自治縣動物衛生監督行政主管部門強制處理，所需處理費用由違法者承擔，並處3000元以上1000元以下罰款。後果嚴重，構成犯罪的，依法追究刑事責任。
(三)違反本條例第八條規定的，責令關閉或搬遷；新建建築要責令停止施工，限期拆除。逾期不關閉或者搬遷拆除的，強制拆除，並處2000元以上2萬元以下罰款。第十條當事人對行政處罰決定不服的，可以依法申請行政復議或者向人民法院提起訴訟。逾期不申請復議、不提起訴訟、不履行處罰決定的，由作出處罰決定的機關申請人民法院強制執行。第十壹條自治縣畜禽養殖汙染監督管理人員玩忽職守、濫用職權、徇私舞弊的，依法給予行政處分。情節嚴重構成犯罪的，依法追究刑事責任。第十二條本條例自2009年5月6日起施行。