區塊鏈存在以下問題:
區塊鏈容量過大的問題。
隨著區塊鏈的發展，節點存儲的區塊鏈數據量會越來越大，存儲和計算的負擔會越來越重。
以比特幣區塊鏈為例，其完整數據目前已經達到71GB左右。如果用戶使用比特幣核心客戶端同步數據，可能三天三夜都無法同步，而且區塊鏈的數據量還在不斷增加，這給比特幣核心客戶端的操作帶來了很大的門檻。
區塊鏈數據的確認時間。
目前的區塊鏈系統，尤其是財務區塊鏈系統，存在數據確認時間長的問題。
以比特幣區塊鏈為例，目前比特幣交易的確認時間約為10分鐘，在6次確認的情況下，需要約1小時。當然，對於2-3天的信用卡確認時間，比特幣已經有了很大的進步，但離理想狀態還有壹段距離。
處理交易頻率的問題。
區塊鏈系統面臨交易頻率低的問題。
以比特幣區塊鏈為例。每個事務平均大小約為250字節。如果塊大小限制為1MB，那麽可以保存的事務數是4000。
按照每10分鐘生成壹個塊的速度，每天可以生成144個塊，可以容納576000筆交易。除以每天86，400秒，比特幣區塊鏈每秒可以處理6.67筆交易。
目前，比特幣區塊鏈的實際日交易量已經接近系統瓶頸(如圖)。如果不解決擴展問題，可能會造成大量的事務擁塞延遲。
相比Paypal 2013第三季度的7.29億筆交易，比特幣block(來源:block dollars)的平均交易次數為每秒93.75筆交易。
根據全球最大的支付卡VISA的官網顯示，VisaNet在2013的測試中，每秒處理了47000筆交易。
與支付寶等主要支付網絡相比，比特幣區塊鏈在交易處理頻率上更像壹個新生兒。
當然，這也是中本聰早期精心設計的。比特幣塊大小限制在1MB，以避免流氓礦工的惡意行為，對人產生負面影響。比特幣區塊鏈支付網絡之所以能發展到今天數十億美元的規模，就是因為它的去中心化。
區塊鏈的發展受到現有制度的限制。
壹方面，區塊鏈分權和自治的特點淡化了國家監督的概念，對現行制度產生影響。
比如以比特幣為代表的數字貨幣，不僅挑戰了國家貨幣的發行權，而且影響了貨幣政策的傳導效果，削弱了央行調控經濟的能力，使得貨幣當局對數字貨幣的發展持謹慎態度。
另壹方面，監管部門對區塊鏈的新技術也缺乏充分的了解和期待，法律制度的建立可能滯後，導致利用區塊鏈的經濟活動缺乏必要的制度規範和法律保障。事實上，它增加了市場參與者的風險。
將區塊鏈技術與現有系統整合的成本相對較高。