在此期間，他寫了他壹生中最重要的壹本書《中國法律與中國社會》。當時的寫作條件極其艱苦。為了躲避空襲，瞿同祖和費孝通住在雲南呈貢縣的農家。他們每周騎車去火車站，然後坐火車去市裏上課，下課後再坐火車，騎車回去。
1945後，在美國哥倫比亞大學和哈佛大學擔任研究員，在加拿大不列顛哥倫比亞大學擔任副教授。1965回國。歷任湖南文史館館員、湖南省政協文史研究委員會副主任、中國社會科學院近代史研究所研究員。著有《中國封建社會》、《中國法律與中國社會》、《清代地方政府》、《漢代社會》等。
1947《中國法學與中國社會》由商務印書館出版。1961年以《傳統中國的法律與社會》為名在巴黎和海牙以英文出版，贏得了國際聲譽。後者被認為是研究中國法律的最好的西文著作。這本書還在訂購單上的時候，著名經濟學家哈耶克就提前預定了。這位20世紀的偉大思想家不停地問他的中國學生林毓生這本書到了沒有，以及他對這本書的看法。
1945年春，經費孝通聯系，卡爾·奧古斯特·維特福格爾邀請，瞿同祖帶著趙增久及其子女抵達美國紐約，先後任哥倫比亞大學中國史研究室研究員、哈佛大學東亞研究中心研究員。瞿同祖的研究越來越好。美國《亞洲研究雜誌》稱贊他的新作《清代地方政府》，“為我們提供了迄今為止中國地方行政運作最完整的圖解。”
1944應德裔美國社會歷史學家維特福的邀請，成為哥倫比亞大學中國史研究室的研究員。1947商務印書館出版《中國法學與中國社會》。1955應費正清之邀，赴美國哈佛大學任研究員，繼續在東亞研究中心研究中國歷史，並與該中心成員楊連生教授、哈佛大學法學院亞瑟·馮·梅倫教授開設“中國法”課程。1961《傳統中國的法律與社會》英文版(瞿同祖先生在哥倫比亞大學的業余時間將這本書翻譯成英文，並利用哥倫比亞大學圖書館豐富的藏書，彌補了當初在昆明寫這本書時缺少這方面資料而造成的遺憾，撰寫了《傳統中國的法律與社會》英文版)，由巴黎和海牙木東書店出版。1962英文《清代地方政府》，哈佛大學出版社出版。1962瞿先生應好友威廉·霍蘭德之邀，赴加拿大英屬哥倫比亞大學任亞洲研究系副教授，講授中國通史。