在執法中，要正確把握合法性與合理性的有機統壹，必須認真遵循以下六項基本原則:
壹是正確合理把握法律法規賦予執法人員的自由裁量權，堅持同壹情況同等處理的原則。自由裁量權不是工商部門權威的體現，而應該是我們思想政治水平和執法能力的體現。工商部門在執法辦案中，不能自由、隨意、隨便，而應堅持壹視同仁、壹視同仁。隨著各行各業法治意識的日益增強，越來越多的人會通過對執法自由裁量權的把握和運用來衡量工商部門依法行政的水平，這壹點我們必須清醒地認識到。
二是區分初犯、累犯和屢教不改。在企業的經營活動中，由於主客觀原因，不可避免地會發生違法行為。對此，壹定要認真區分情況，根據不同情況區別處理。我們打擊的重點應該是屢犯屢教的案件。
三是區分無意、有意、惡意。區分無意與無意，意味著我們的工作職能要有所改變和適應——不能單方面依靠“打擊、沖擊、突擊”，而要堅持廣泛宣傳工商法律法規，引導企業建立規章制度，提高企業自律意識，提升社會誠信程度。對故意的、惡意的非法經營行為，要嚴厲打擊，絕不手軟。
四是區分企業對社會的貢獻。行政執法的目的是維護市場經濟秩序，促進經濟健康有序發展。在執法過程中，對初犯和無意違法企業，在遵守法律規定的前提下，根據其對社會的大、中、小貢獻，給予適當、適度的處理。這種區分更有利於樹立工商部門的權威，促進經濟的健康發展。
五是區分企業違法行為的社會影響程度。企業違法行為對社會的影響是執法中衡量處理程度的重要因素。對於那些社會危害性和社會影響很小或者沒有的，要酌情從輕處理，這是我們必須把握的。
第六，正確把握適用的法律法規。壹般情況下，案件有專業法調整處理的，應當按照專業法的要求處理，必須防止以罰沒金額找適用法律法規的錯誤做法。因為這樣做，既失去了合理性，也失去了合法性的真正意義，是不可取的。
執法辦案是壹項復雜的綜合性工作，可以綜合反映工商部門的思想、政治、作風和能力水平。在具體工作中，除了以上六條原則，還要考慮每個地區的特點和基礎。必須堅決打擊的是那些屢禁不止，對社會危害和人民生命健康、社會財產安全影響極大的違法違規行為。這也是我們執法辦案的根本著力點。決不能只要抓到壹個案子就亂嚴懲。這種做法不利於樹立工商部門的執法權威，也與合法性與合理性有機統壹的原則背道而馳，是絕對不允許的。