公元前338年，去世，太子商繼位，即秦惠王。商鞅變法涉及利益再分配。“賞農戰，實行軍銜制”打開了平民進入上層社會的道路，使秦國繁榮昌盛，日益強大。但卻打破了延續數百年的貴族世襲制度，從而得罪了貴族勢力。秦孝公病重期間，商鞅獨攬軍政大權，加劇了秦國內部的權力鬥爭。
因此，秦孝公死後，公子謙等貴族勢力指責羅誌，誣告他謀反。秦惠文王下令追擊。商鞅逃到邊境，想住招待所。招待所的主人並不知道他是商務紳士，但看到他沒帶證件，就告訴商務紳士法，沒有證件留宿是犯罪。商鞅想去魏國，魏國以欺騙了兒子為由拒絕他入境。
商鞅回到秦國後，被迫潛回封城商賈，發動城兵攻打鄭縣(今陜西省渭南市華州區)。秦惠文派兵攻打，結果商鞅失敗，死在童弟[今陜西省渭南市華州區(原滑縣)西南]。他的屍體被帶回鹹陽，在那裏被破解並向公眾展示。秦惠文君還下令滅商鞅全家。
擴展數據:
獨立思考
商鞅獨立思想的影響主要表現在三個方面。首先，商鞅主張整農的經濟政策。為此，他頒布了《墾草令》，制定了二十條重農墾荒法。壹方面直接或間接刺激農業發展，另壹方面壓制工商業。其次，商鞅主張嚴懲重賞。
商鞅認為，人的本性是逐利怕罪的。只要嚴懲重賞，人民就能治理得好，國家就能穩定。為此商鞅壹方面制定了嚴厲的刑法治理百姓，另壹方面又賞賜李信。第三，商鞅主張重兵尚武，有軍國主義思想。最後，商鞅主張國家要統壹人民的思想，制定統壹的制度，達到統壹的目的。
在他死後，商鞅的思想逐漸形成了壹個學派，叫做商學院。商學經過創立、探索、發展、定型、後勁五個階段，逐漸成為統治秦國乃至秦朝的思想主流，符合秦代歷史。
百度百科-商鞅