法律分析
無論如何，工資是員工付出勞動換來的，用人單位原則上不能克扣工資。但是，如果用人單位在規章制度中已經明確規定上班遲到早退扣工資，並且規章制度已經向員工公開宣傳告知，那麽上班遲到早退扣錢是合法的。當然，反過來說，如果用人單位沒有相關的規章制度，或者沒有宣傳相關的規章制度，沒有告知員工，那麽以上班遲到早退為由扣工資就是違法的。實踐中，很多用人單位在規章制度中賦予自己對員工的罰款權，基本上是法律認可的。具體理由如下:首先，法律既要維護勞動者的合法權益，又要考慮保證企業和用人單位進行正常有效的勞動管理和企業經營管理，維護企業和用人單位的合法權益。法律要兼顧維護職工合法權益和提高企業管理效率；其次，勞動者的故意遲到應當屬於違反勞動紀律的行為，用人單位應當有權在規章制度或者企業獎懲制度中對這種行為進行壹定的處罰，實現雙方權利義務的平等。根據規定，用人單位無正當理由克扣工資的，可以要求賠償。用人單位應當支付少支付的工資和利息。如果因此辭職，可以要求用人單位全額支付相應的工資和利息，並支付相應的經濟補償金。
法律依據
《中華人民共和國勞動法》第九十壹條用人單位有下列情形之壹，侵害勞動者合法權益的，由勞動行政部門責令支付勞動者工資和經濟補償，也可以責令支付賠償金: (壹)克扣或者無故拖欠勞動者工資的；(二)拒不支付勞動者延長工作時間工資的；(三)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的；(四)解除勞動合同後，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。
《工資支付暫行規定》第十六條勞動者因自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以根據勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失賠償可從員工本人工資中扣除。但每月扣除額不得超過員工當月工資的20%。扣除的富余工資低於當地月最低工資標準的，按照最低工資標準支付。