1.稅務檢查不同於稅務機關的日常檢查。
稅務檢查的執法主體是稅務局稽查局。《稅收征管法實施細則》第九條第壹款規定，稽查局的法定職責是查處偷稅、漏稅、騙稅、抗稅案件。國家稅務總局應明確界定稅務局和稽查局的職責，避免職責重疊。因此，國稅函〔2003〕140號《關於稽查局職責的通知》規定，在稅務局和稽查局職責未明確之前，稽查局目前的職責是稽查業務管理、稅務稽查和查處稅收違法案件；需要對納稅人、扣繳義務人進行查帳、憑證或調查取證，對其稅收違法行為進行稅務行政處理(處罰)的，仍由各級稽查局負責。新的檢驗條例還進壹步明確了檢驗局的職責。
稅務機關開展日常檢查的職責是清理漏管戶、核對發票、催報交款、評估查詢、了解納稅人生產經營和財務狀況等日常管理工作，不涉及備案核查和系統審核，不能混淆稅務局和稽查局的職責。《國家稅務總局關於進壹步加強稅收征管基礎工作的意見》(國稅發〔2003〕124號)和《國家稅務總局關於進壹步加強稅收征管基礎工作的意見》(國稅發〔2004〕108號)多次強調，要劃清日常檢查和稅務稽查的業務界限，避免超越日常檢查和查處稅收違法案件的職責，導致工作失誤
2.稅務檢查不同於納稅評估。
稅務檢查應當以事實為依據，以法律為準繩，堅持公平、公開、公正和效率的原則。
納稅評估是稅務機關運用數據信息對比分析的方法，對納稅人和扣繳義務人(以下簡稱納稅人)的納稅申報(包括申請減免稅和延期退稅)的真實性和準確性作出定性和定量判斷，並采取進壹步征管措施的管理行為。(國稅發[2005]43號)
有三種方法來處理評估結果:
(1)自查自糾補稅
註:稅務面試的對象主要是企業的財務會計人員。納稅人可以委托具有專業資格的稅務代理人進行納稅面談。
(2)實施日常檢查
(3)轉稅務檢查
註:無文件供納稅人評估情況(部分省份送達評估意見)。