項目法人責任制規定董事會有權任免項目總經理，這使得項目總經理在確定中標人時不得不考慮董事會中權勢人物與建設單位之間的關系，以保證自己的總經理地位，因此招投標有時流於形式。
為了控制工程造價不超過概算或其他目的，項目總經理在組織評標時故意壓低標底(底價)，使得施工單位中標接近固定直接費，有時甚至更低。施工單位為了保證盈利，不得不雇傭農民工隊伍，有時幹脆轉包出去賺管理費。雖然國家明令禁止分包，但施工單位可以讓分包單位帶自己的牌子。這使得工程質量難以保證，也是近年來“豆腐渣”工程出現的原因之壹。
項目董事長或項目總經理為了逃避責任，在項目完成前找關系調到其他部門升上高職，導致項目完成後即使有問題也沒人負責。
擴展數據:
建立對建設項目和相關領導的考核監督制度。項目董事會負責對總經理進行定期考核；每個投資者負責對董事會成員進行定期評估。國務院各有關部門和地方計委負責相關項目的評估。要組織國家計委有關單位進行專項檢查和評估。評估的主要內容包括:
(壹)執行國家頒布的有關固定資產投資建設的法律法規；
(二)國家年度投資計劃和批準的設計文件的執行情況；
(三)預算控制、資金使用和項目組織管理；
(四)建設工期、施工安全和工程質量控制；
(五)生產能力和國有資產形成及投資效益；
(六)土地、環境保護和國有資源利用情況；
(七)精神文明建設；
(八)其他需要評估的事項。