在第壹階段，神的證據系統，其中壹些被稱為神的判斷。原始社會末期、奴隸社會和封建社會初期，生產力水平較低，適合當時的控告(彈劾)訴訟制度，“神啟”成為人類歷史上最早的原始證據制度。主要特點是以神的啟示來判斷訴訟的是非曲直。其方法有燒鐵、煮湯、決鬥、抽簽、占蔔等。相信神，敬畏神，是神啟證據體系的顯著特征。
第二階段是法定證據制度，也稱形式證據制度。在封建社會，法定證據制度成為普通證據制度，適用於當時的糾問式訴訟制度。主要特征是，證據的收集、證據的可靠性和證明力等形式規則都是法律事先機械規定的，並不需要對證據本身的真實情況進行分析判斷。只是按照法律規定的各種證據的可靠度的百分比做機械計算。證據分為完全、不完全、不完全和大部分完全四類。幾個不完整的證據加起來就是壹個完整的證據。被告人的供述，無論是自動供述還是刑訊逼供，只要是自己親自供述的，都可以使用。
在中國封建社會，訴訟方式以審判長為主，輔以刑訊逼供至上的法定證據制度。刑訊逼供的條件、程序、工具都是法律規定的，刑訊的工具通常是有法律規範的“棍子”。法定證據制度要求更周到的證據形式，在壹定程度上限制了審判長的隨意性，是比神證制度的壹大進步。但是，這種客觀公正的虛假形象，總體上使有罪推定和逼供這種恐怖手段合法化。
第三階段，自由心證制度，又稱心證制度。在資本主義社會，自由心證制度取代了封建社會盛行的法定證據制度，適用於辯論式訴訟制度。法律沒有事先機械地規定證據收集的標準、可靠性和證明力，法官可以根據案件的審理情況，結合法律素養、法庭經驗和心理良知，通過內心的確信自由判斷和查明事實。自由心證原則最早由法國制憲會議於1791年通過，並於1808年寫入《刑事訴訟法》。此後被大陸法系國家廣泛采用，至今仍然有效。壹些國家對自由心證的形成設置了壹些限制。英美法系國家沒有自由心證(或內心確信)這壹術語，但實際上實行的是壹系列判例形成的形式證據規則與自由心證相結合的原則。北洋政府和民國政府也采取自由心證原則。自由心證制度體現了人道主義精神和法律面前人人平等的原則，強化了辯護權對抗起訴權，民主文明，符合程序正義和實體正義的要求。但對裁判的素質要求更高。否則，就會為武斷的“內心確信”提供法律依據。
證據制度和訴訟制度同樣有著悠久的歷史，但仍有許多理論和實踐問題難以解決。特別是在中國加入WTO後的社會主義市場經濟環境下，行政證據問題是壹個非常棘手的新課題。最高人民法院《關於行政訴訟證據若幹問題的規定》不采用法定證據制度，而傾向於自由心證制度。但這種自由心證並不是任意的，而是采用了現代理論研究成果和WTO的現代法治和正當程序理念，規定了相對完善和嚴格的規則作為保障。這種現代自由心證與預定規則相結合的證據原則，無疑是工商行政執法的證據原則。
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