第壹，兩者侵犯的對象不同。
兩罪雖然都侵犯了公共財產權利，但侵犯程度不同，社會危害性也不同。
貪汙罪侵犯的是公共財產所有權的所有權利，如占有權、收益權和處分權，而侵占罪侵犯的只是公款的占有權、使用權和收益權。
第二，兩者的主觀故意內容不同。
貪汙罪的主觀故意是非法占有公共財物且不予返還；挪用公款罪的主觀故意是暫時占有、使用公款並打算以後歸還。
判斷挪用公款是否轉化為貪汙罪，應當判斷和認定行為人主觀上是否具有非法占有公款的目的。
第三，他們的行為方式不同。
貪汙罪在客觀上表現為使用貪汙、盜竊、詐騙等方法將公共財物據為己有。由於行為人往往采取銷毀、變造、偽造文件、賬目等手段，在現實生活中很難發現公共財產被非法侵吞。
挪用公款罪的行為是擅自決定使用單位的公款。雖然有時會采取壹些欺騙手段，但壹般不會采用挪用、盜竊、詐騙等手段。在挪用公款的案件中，行為人壹般會在賬本上留下痕跡，甚至會留下借款憑證，不存在結賬的行為，所以通過審計可以發現挪用公款的事實。
挪用公款罪與貪汙罪的主要區別在於行為人主觀上是否具有非法占有公款的目的。挪用公款是否轉化為貪汙罪，應當按照主客觀相壹致的原則，判斷和認定行為人主觀上是否具有非法占有公款的目的。司法實踐中，有下列情形之壹的，可以認定行為人具有非法占有公款的目的:
1.根據《最高人民法院關於審理挪用公款案件具體應用法律若幹問題的解釋》第六條規定，行為人“攜帶挪用的公款潛逃”，以貪汙罪定罪處罰。
2.行為人挪用公款後使用虛假發票結賬並銷毀相關賬目，致使挪用的公款難以在單位財務賬目中反映且未予歸還的，以貪汙罪定罪處罰。
3.行為人截留單位收入不入賬，非法占有，致使公款難以在單位財務賬目中反映，且無回報的，以貪汙罪定罪處罰。
4.有證據證明行為人有能力歸還挪用的公款而拒不歸還，隱瞞挪用的公款的去向的，以貪汙罪定罪處罰。
對司法機關認定的挪用公款罪和貪汙罪的具體認定和處理，可以依據上述法律規定的程序依法處理，特別是對於已經造成嚴重違法事實的，法院可以在清算後，對貪汙賄賂的數額予以從輕處罰。
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法律依據:《最高人民法院關於貪汙、挪用公款產生的利息應否納入貪汙、挪用公款罪數額的批復》規定，貪汙、挪用公款產生的利息是貪汙、挪用公款給受害單位造成的實際經濟損失的壹部分， 並應依法作為被告人的違法所得與其貪汙、挪用的公款壹並追繳，但不作為貪汙、挪用公款罪的犯罪數額計算。