壹、內部規章制度和勞動合同
員工停薪留職的期限、條件和如何處理，壹般在公司內部規章制度和員工的勞動合同中有規定。停薪留職期間，員工雖已暫停工作，但與公司的勞動關系依然存在。所以，三年的無薪休假期結束後，公司首先需要參照這些規定和合同，明確雙方的權利和義務。
第二，與公司談判
如果內部規章制度或勞動合同沒有明確規定停薪留職3年以上的處理辦法，員工應與公司協商解決。可能的解決方案包括復工、延長無薪假期限、解除勞動關系等。談判過程中，雙方應充分溝通，尊重對方權益，達成合理公平的協議。
第三，法律途徑
如果協商不成，員工可以選擇通過法律途徑解決爭議。根據《中華人民共和國勞動法》及相關規定，員工可以向勞動爭議調解委員會申請調解，也可以直接向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。如果仲裁結果仍不能滿足員工的訴求，還可以向人民法院提起訴訟。
公司在處理三年以上無薪休假問題時，應尊重員工的權益，遵循公平、公正、合法的原則，避免損害員工的合法權益。同時，員工也要了解自己的權利和義務，積極與公司溝通協商，尋求合理的解決方案。
總而言之:
停薪留職3年以上的處理主要依據公司內部規章制度、勞動合同及相關勞動法律法規。面對這種情況，員工首先要了解公司的規定和合同內容，然後再和公司協商。如果協商不成，可以選擇通過法律途徑解決爭議。在整個過程中，雙方應尊重對方的權益，遵循公平、公正、合法的原則。
法律依據:
中華人民共和國勞動法
第26條規定:
有下列情形之壹的，用人單位可以解除勞動合同，但應當提前30日以書面形式通知勞動者:
(1)員工患病或非因工負傷，醫療期滿後，不能從事原工作也不能從事由用人單位另行安排的工作的；
(二)勞動者不能勝任工作，經過培訓或者調整工作崗位，仍不能勝任工作的；
(三)勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使原勞動合同無法履行，經當事人協商不能就變更勞動合同達成協議的。