1.縣級以上人民政府自然資源主管部門應當責令退還非法占用的耕地；
2.限期拆除在耕地上新建的工廠和其他設施，恢復土地原狀；
3.構成犯罪的，依法追究刑事責任；
4.非法占用基本農田5畝以上或者其他耕地10畝，涉嫌非法占用農用地罪的，依法追究刑事責任。
耕地保護法律法規:
1，《土地管理法》:規定了耕地保護和限制占用耕地的基本原則；
2.《土地管理法實施條例》:對保護耕地、處罰違法用地作出具體規定；
3.農業法強調農業可持續發展和耕地保護的重要性；
4.環保法:涉及土地利用與環境保護的關系，規定了違法用地可能造成的環境影響；
5.《城鄉規劃法》:它要求土地的規劃用途，違反土地規劃用途的行為將受到法律的制裁；
6.國土資源部關於嚴格保護耕地節約集約用地的通知:明確了耕地保護的具體措施和要求。
總結起來，非法占用耕地建廠的處理方式包括:責令退還非法占用的耕地，限期拆除違章建築，恢復土地原狀，對構成犯罪的行為依法追究刑事責任，特別是非法占用基本農田5畝以上或者其他耕地10畝以上，涉嫌非法占用農用地的，將面臨刑事責任追究。
法律依據:
《中華人民共和國土地管理法》
第四十四條
建設占用土地涉及農用地轉為建設用地的，應當辦理農用地轉用審批手續。基本農田長期轉為建設用地，須經國務院批準。為實施城市、村莊和集鎮土地利用總體規劃，將永久基本農田以外的農用地轉為建設用地的，由原批準土地利用總體規劃的機關或者其授權的機關按照國務院規定，根據土地利用年度計劃分批批準。在批準的農用地轉用範圍內，具體建設項目用地可以由市、縣人民政府批準。將永久基本農田以外的農用地轉為土地利用總體規劃確定的城市、村莊和集鎮建設用地範圍以外的建設用地，由國務院或者國務院授權的省、自治區、直轄市人民政府批準。