處理違章建築的法律依據主要分為兩部分:
實質性法律條款
處理違法建築問題的直接法律依據是《中華人民共和國城市規劃法》第四十條的規定:“在城市規劃區內，未取得建設工程規劃許可證或者違反建設工程規劃許可證的規定進行建設，嚴重影響城市規劃的，由縣級以上地方人民政府城市規劃行政主管部門責令停止建設，限期拆除或者沒收違法建築物、構築物或者其他設施；影響城市規劃，尚可采取改正措施的，由縣級以上地方人民政府城市規劃行政主管部門責令限期改正，並處罰款。”
我們可以從上述規定中得出以下五點結論，作為處理此類糾紛的依據:
1.縣級以上地方人民政府城市規劃部門是處理違法建築的行政主管部門，有權對違法建築進行行政認定；
2.根據不同情況，對違章建築的處理方式包括:停止施工、限期拆除、沒收補辦手續、罰款；
3.在具體適用中，應根據不同情況采取不同方式:建設工程正在施工的，應依據《城市規劃法》第四十條的規定，由城市規劃部門責令停止施工。建設項目已建成，嚴重影響城市規劃的，應根據《城市規劃法》第四十條，由城市規劃部門限期拆除或沒收。建設工程已經竣工的，雖“影響城市規劃，尚可采取改正措施的，由縣級以上地方人民政府城市規劃行政主管部門”作出以下處理:補辦手續，處以罰款；
4.在上述法律處理方式中，可以做如下理解:限期拆除給違章建築的業主留有壹定的時間處理可以移交的材料；辦理手續，就是事後對違法建築進行確認和合法化；
5.在違章建築索賠糾紛中，違章建築的所有人擁有不應受法律保護的權益，主要表現為違章建築的違法行為給行為人帶來的利益；還有應受法律保護的權益，申請補辦手續、限期拆除的合法權益。這兩種不同的權益應該區別對待，分別適當處理。
(2)程序性法律規定
城市規劃行政主管部門對違法建築的認定和處理決定作為壹種具體行政行為，壹方面，除法律規定的實體認定外，該行為還應當依照法定程序作出並履行相應的告知義務；另壹方面，這種行為應當具有可訴性，即行政相對人在行政機關作出認定或者決定後，可以在法定期限內對其認定或者決定申請行政復議或者提起行政訴訟。雖然復議和訴訟原則上不停止認定和決定的執行，但它是行政相對人作為權利救濟途徑的程序性權利，應當得到尊重和保護。行政機關的具體行政行為因程序違法應當撤銷或者部分撤銷的，至少應當確認為違法。
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