(壹)食品安全監管法律法規的缺失和滯後。壹是《食品安全法》實際適用性不強，違法處置力度不夠。比如《食品安全法》規定的處罰數額，要根據是否有“違法所得”來確定，給執法部門帶來困難，違法者難以承擔相應的違法成本。第二，由於立法主體的多樣性、調整對象的特殊性、規範內容的側重點不同，許多法律規範相互交織、相互沖突。比如《產品質量法》和《食品安全法》是全國人大常委會制定的，而《食品召回管理條例》是國家質檢總局發布的，所以同壹執法事件可以適用不同的法律規範。同時，地方規章制度多達數百項，導致多門多頭管理，存在管理盲區和空白。比如，對於牛肉泛濫這種常見問題，處罰的標準和規定很難找到依據，具體應該調查哪個環節和部門。三是食品安全法配套的法律法規還比較滯後，使得基層執法人員在執法過程中無所適從。比如保健食品監管、食品生產許可等配套法律法規至今沒有出臺，導致沒有法律依據。
(二)多部門、分段監管執法導致執法效率低下。《食品安全法》只是籠統地賦予各部門實施權，食品安全監管執法管理權限劃分不明確、不統壹，導致各部門在各自不同的環節行使權利。看似分工明確，實則執行難度更大。因為分段監管最大的弊端就是權利分散，權責分離，造成監管真空，重復監管，越權監管時有發生，無法實現無縫監管。
(3)地方食安辦的設置模式導致合作困境。現在各地都成立了食品安全委員會，有辦公室，有的在食品藥品監督管理局，有的在衛生局，但都是非實體性質的機構，沒有建立強有力的工作機制。
(四)基層執法隊伍不夠強大，無法協同工作。同時，這些直接從事監督執法的工作人員素質參差不齊，個別人員責任心不強，專業能力較低，不能滿足工作職責的需要，沒有能力及時糾正監督執法中的問題。
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