《基本法》的最終解釋權在全國人大常委會，不會影響香港的司法制度，因為全國人大常委會並沒有在香港行使終審司法權，不會對某個案件作出終審判決。
根據《基本法》的規定，《基本法》的解釋權首先由全國人民代表大會常務委員會行使，然後由全國人民代表大會常務委員會授權特區法院解釋特區自治範圍內的條款。現在香港有些人對基本法第158條有錯誤的理解，顛倒了先後順序，不符合基本法的規定。
擴展數據:
基本法旨在落實“壹國兩制”的基本國策，是“壹國兩制”的法律化，是全國人民都應遵守的重要法律。基本法的立法是解決國家統壹問題，首先是“壹國”問題，要用基本法的法律形式解決香港回歸祖國的政治現實。
所以，基本法首先是壹部關於“壹國”的大法。同時，基本法還保證香港回歸後的社會、政治、經濟制度和生活方式不變，保持香港的繁榮穩定，因此具有“兩制”的內涵。因此，要全面理解基本法，就必須認識到基本法不僅是維護“兩制”的法律，也是實現和維護“壹國”的法律。
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法律依據:《香港特別行政區基本法》第壹百五十八條。
NPC常務委員會授權香港特別行政區法院在香港特別行政區自治範圍內解釋本法規定。香港特別行政區法院在審理案件時也可對本法的其他條款進行解釋。但如香港特別行政區法院在審理案件時，需要對本法中涉及中央人民政府管理的事務或中央人民政府與香港特別行政區關系的條款進行解釋，而對該條款的解釋影響案件的判決，則香港特別行政區終審法院在對案件作出終審判決前，應提請NPC人大常委會對有關條款進行解釋。如NPC人大常委會作出解釋，香港特別行政區法院在引用本條款時，應以NPC人大常委會的解釋為準。但是，在此日期之前做出的判決將不受影響。NPC常務委員會在解釋本法前，應征詢其所屬的香港特別行政區基本法委員會的意見。