天山自然遺產地的自然保護區、文物古跡和風景名勝區的保護和管理，應當遵守有關法律、法規的規定。法律、法規沒有規定的，適用本條例。第三條本條例所稱天山自然遺產地，是指依照法定程序劃定並公布的天山地區托木爾峰、博格達峰和中山山脈的自然景觀、生態系統、物種棲息地和自然遺產地。第四條天山自然遺產地的保護和管理應當遵循科學規劃、統壹管理、嚴格保護、永續利用的原則，妥善處理與自然遺產地經濟建設和當地居民生產生活的關系。第五條自治區人民政府對天山自然遺產的保護和管理實行統壹領導，具體工作由自治區林業、草原行政主管部門組織實施。
各州、市、縣(市)人民政府和天山自然遺產地地區行政公署確定的天山自然遺產管理機構負責本行政區域內天山自然遺產地的保護和管理，並接受自治區林業、草原行政主管部門的業務監督和指導。
天山自然遺產所在地縣級以上人民政府林業與草原、自然資源(規劃)、生態環境、農業與農村、文化與旅遊、文物等有關行政主管部門。，在各自的法定職責範圍內負責天山自然遺產的保護和管理。第六條天山自然遺產管理機構應當履行下列職責:
(壹)宣傳、貫徹和執行與自然遺產保護相關的法律、法規、方針和政策；
(二)制定自然遺產保護的各項管理制度，組織實施天山自然遺產保護規劃；
(三)自然遺產保護的調查、登記、監測、評估和報告；
(四)組織開展與自然遺產保護相關的科學研究、科普和教育活動；
(五)建立動態保護監測系統，及時制止、查處天山自然遺產中的違法行為。第七條天山自然遺產保護和管理經費納入同級人民政府財政預算，自治區財政根據情況給予調整和補助。
天山自然遺產所在地縣級以上人民政府可以通過政府投資、社會各界和國際組織捐贈等方式，籌集天山自然遺產保護專項資金，用於天山自然遺產保護。第八條天山自然遺產地縣級以上人民政府和天山自然遺產管理機構應當加強天山自然遺產地科學知識的普及、宣傳和教育，提高公眾對自然遺產價值的認識，增強自覺保護天山自然遺產的自覺性。第九條天山自然遺產資源屬於國家或集體所有，禁止以任何名義和方式出售或變相出售。
任何單位和個人都有保護天山自然遺產的義務，並有權制止和舉報破壞天山自然遺產的行為。縣級以上人民政府應當對保護天山自然遺產地做出突出貢獻和舉報破壞行為的人員給予表彰和獎勵。第二章保護區和保護規劃第十條天山自然遺產地的範圍應當按照充分體現自然遺產價值、有效保護和展示自然遺產的原則劃定。
天山自然遺產地應當劃定生態保護區、自然景觀保護區、瀕危野生動植物物種自然集中分布區、具有重大科學文化價值的地質構造和化石分布區、冰川等自然和歷史遺跡等功能區；在功能區內，應明確劃定禁建區、限建區和展示區。
毗鄰天山自然遺產地邊界的重要景觀區域和對天山自然遺產及其保護具有重要功能的區域應被指定為緩沖區。
天山自然遺產管理機構應當在自然遺產地和緩沖區周圍設立界樁和界樁。第十壹條天山自然遺產縣級以上人民政府應當組織有關部門對本行政區域內分布的自然遺產資源進行普查、篩選、分類和評價，並建立檔案。第十二條天山自然遺產保護規劃包括總體規劃、分區規劃和詳細規劃；規劃的編制和審批應當遵守下列規定:
(壹)納入自治區城鎮體系規劃的總體規劃，由自治區林業、草原行政主管部門組織編制，經自治區人民政府同意後，報國務院審批；
(二)分區規劃納入州、市(地)區域城鎮體系規劃，由天山自然遺產地的州、市人民政府、地區行政公署組織編制，報自治區人民政府審批；
(三)詳細規劃由各州、市、縣(市)人民政府和天山自然遺產地地區行政公署組織編制，報自治區林業、草原主管部門審批。
天山自然遺產地保護規劃應當與國家空間規劃、旅遊發展規劃等相關專項規劃相銜接。天山自然遺產地範圍內的功能區以及禁建區、限建區和展示區，應在分區規劃時劃定，明確各區域的功能結構和空間布局。
總體規劃應當自天山自然遺產提名之日起兩年內完成，規劃期限為五年。區域規劃應當自批準建立天山自然遺產之日起兩年內完成，規劃期限與總體規劃有效期壹致。