如果對異常反應的診斷結果有異議，即認為是異常反應，但衛生行政部門調查後認為與預防接種無關，即對預防接種異常反應的診斷結論有爭議，可以向當地醫學會申請進行預防接種異常反應鑒定。具體按照《預防接種異常反應鑒定辦法》的有關規定執行。
法律依據:
國家衛生健康委員會辦公廳關於印發《預防接種異常反應賠償範圍參考目錄及說明(2020年版)》的通知
第壹個目錄說明。
該目錄主要為預防接種異常反應的調查、診斷、鑒定和賠償提供壹定的參考範圍。在疑似預防接種異常反應發生後的預防接種異常反應調查、診斷和鑒定過程中，需要結合臨床和實驗室資料，確定是否屬於或不能排除。是否在本目錄範圍內，不應作為判斷是否屬於或不能排除預防接種異常反應的直接依據。
接種過程中或者接種後，受種者死亡、嚴重殘疾、器官組織損傷等損害屬於預防接種異常反應或者不能排除的，應當給予補償。
在實際工作中，如獲得能夠確定、支持或排除疫苗與疾病之間因果關系的有力證據，或者從接種疫苗到疾病發生的常見時間範圍發生了變化，應當在預防接種異常反應的調查、診斷、鑒定和賠償中加以借鑒。
第二條說明了預防接種異常反應的判定原則。
病例調查、診斷或鑒定應規範化。同時符合以下原則者，可判定為預防接種異常反應:
1.疾病臨床診斷明確，符合臨床診斷標準；
2.明確排除其他原因:有臨床或實驗室證據明確支持疫苗引起的疾病，或有臨床或實驗室證據明確排除其他重要致病因素(如感染、創傷、中毒等。).詳細的既往史、發病史、臨床檢查和實驗室檢查有助於確定和解釋是否有其他重要病因；
3.在目前已知範圍內確定的疫苗損害:與本目錄中的疾病和疫苗有明確因果關系或者傾向於支持因果關系存在的疾病；
4.從接種疫苗到發病的時間範圍可以參考本目錄中常見的時間範圍。
第三條不能排除判斷預防接種異常反應的原則聲明。
病例調查、診斷或鑒定應規範化。對於同時符合以下原則的，可以判斷不排除預防接種異常反應:
1.該病臨床診斷明確，符合臨床診斷標準。
2.基本排除其他原因:傾向於支持疫苗引起疾病的臨床或實驗室證據，或基本排除其他重要致病因素(如感染、外傷、中毒等)的臨床或實驗室證據。).特別是對於本目錄中無證據確定因果關系的疾病，既往病史、發病史、臨床檢查、實驗室檢查等。應當用於排除其他重要的可能的病原學證據，可以得出不能排除預防接種異常反應的結論；
3.在目前已知範圍內基本確定或可能發生的疫苗損害:屬於本目錄所列異常反應相關疾病範圍的；
4.從接種疫苗到發病的時間範圍可以參考本目錄中常見的時間範圍。
第四條說明了在接種脊髓灰質炎減毒活疫苗的接觸者中判定疫苗相關麻痹性脊髓灰質炎或疫苗衍生病毒所致脊髓灰質炎的原則。
省級預防接種異常反應調查診斷專家組可進行調查診斷，並參照疫苗接種者的疫苗相關麻痹性脊髓灰質炎，對脊髓灰質炎診斷(衛生行業標準WS294-2016)中符合疫苗相關麻痹性脊髓灰質炎或疫苗衍生脊髓灰質炎病毒病例診斷標準者進行補償。
第五條內容調整說明。隨著證據鏈的完善，本目錄及說明根據工作需要進行動態調整。中國疾控中心組織制定了《預防接種異常反應補償範圍參考目錄(2020年版)》使用指南。