日本關於原產地規則的法律法規體系由40多項涉及海關、海關和貿易管理的法律法規和法令，以及與外國簽訂的EPA/FTA協定組成，主要包括以下內容:
1.與海關和關稅有關的法律、法規和法令:《臨時關稅措施法》、《關稅確定法》、《關稅法》及其實施令、實施細則和基本通知；
2.與貿易管理相關的訂單等。:緊急關稅令、反傾銷稅令，以及日本實施各種貿易救濟和貿易報復措施時發布的各種命令。
3.與外國簽署的EPA/FTA協定、經濟合作協定項下簽發特定原產地證書法及其實施令和規則。
(二)政府管理體制
1.日本經濟產業省(以下簡稱經產省)是日本對外貿易的主管部門，本省貿易經濟合作局貿易管理處下設貿易管理科，主管原產地證書。隨著日本加緊與外國簽署EPA/FTA，相關業務大增。2005年4月1日，日本經濟產業省在貿易管理司下設立了新的原產地證書辦公室，負責原產地證書事務的管理。
根據《簡化海關手續國際公約》第11條和《經濟合作協定項下特定原產地證書簽發法》的規定，工信部授權日本商工會議所簽發原產地證書。據統計，日本商工會議所每年簽發約60萬份原產地證書。
2.日本財務省主管關稅和海關事務，本省關稅局關稅課負責原產地制度的制定，地方海關具體實施進口產品的原產地認定。當日本對特定國家實施貿易救濟和貿易報復時，主管該省的海關系統會根據原產地規則實施各種措施。(1)優惠領域
主要用於對發展中國家的普惠制和EPA/FTA協議中的關稅減讓。
1.普惠制。日本自8月1971起實施普惠制，對發展中國家實施優惠關稅措施。日本對141個國家和15個地區實施普惠制，涵蓋除石油和皮革制品以外的約340種農產品和約3300種工業品。日本的原產地制度最早始於普惠制實施之時，主要用於確定產品是否屬於受惠國的原產產品，從而決定是否適用優惠關稅。
2.環保局/自由貿易區.自日本-新加坡經濟合作協定(EPA/FTA)於2002年6月生效以來，日本已與9個國家和地區簽署了EPA/FTA協定，其中與新加坡、墨西哥、馬來西亞和智利簽署的協定已經生效。根據協定內容，日本對原產於對象國的產品實施關稅減讓，並制定了確定原產地的相關方法和程序。由於談判情況和各目標國關註的問題不同，各種協定中原產地規則的規定也不同。
(2)非優惠領域:
主要用於反傾銷、貿易報復措施、WTO政府采購等貿易救濟領域。
1.貿易救濟領域。日本發起反傾銷時，以原產國為標準，對特定國家的產品實施附加稅、配額限制等救濟措施。例如，2002年，日本對原產於韓國和中國臺灣省的聚酯短纖維征收反傾銷稅時，適用了原產地規則。
2.貿易報復措施。當根據WTO協議實施貿易報復措施時，對原產於特定目標國的產品應根據原產地規則進行報復。例如，2005年8月，日本對原產於美國的滾珠軸承征收報復性關稅。
3.世貿組織政府采購協議。日本作為WTO《政府采購協定》的締約方，必須遵守《政府采購協定》第四條關於原產地規則的規定，政府采購領域采用的原產地規則不得不同於正常貿易領域。(1)基本原則
日本沒有制定自己的原產地規則。日本以1923 165438 10月3日在日內瓦簽訂的《簡化海關手續國際公約》附件規定的標準為基礎，在《海關法》基本通知第68條第3款第5項中規定了確定原產地的方法。
在判斷壹個產品的產地時，首先確認該產品是否為“完整產品”。如果壹種產品在某個國家完成了全部生產過程，根據“完全輸出原則”確定該國為該產品的原產地。如果產品的生產涉及兩個以上的國家，最終給產品帶來實質性變化並賦予產品新特征的國家，根據實質性變化原則，即為產品的原產地。此外，作為特例，對於部分符合“完全輸出原則”和“實質性改變原則”但僅進行了微小加工的產品，根據“微小加工標準”，最終加工產品所在國不授予原產地證書。
判斷“實質性變化”的原則
對於生產過程中涉及兩個以上國家的產品，日本原則上適用關稅變動標準確定其原產地，但在某些特殊情況下，也適用從價百分比標準和加工程序標準作為輔助標準。
1.在對發展中國家實施的普惠制中，60%以上的商品采用關稅變更標準。對其余40%的產品實行輔助標準:對紡織品和加工食品實行加工程序標準，對部分機電產品實行從價百分比標準。
2.在對外EPA/FTA協定談判中，日本力爭原則上采用關稅變更標準，主張即使適用從價百分比標準也應作為輔助標準，反對單獨適用從價百分比標準來確定產品原產地。日本簽署的9個EPA/FTA中，只有極少數產品的原產地是按照從價百分比原則確定的，大部分都是對方國家比較重視的“特別敏感產品”。
3.在貿易救濟和貿易報復等非優惠領域適用的原產地規則，原則上應遵循普惠制的原產地確定方法。
(3)如何確定從價百分比。
對於采用從價百分比標準確定原產地的進口產品，日本根據貨物的離岸價格確定其總價值。作為壹個標準，從價百分比為40%，即如果貨物的原產地確定為某個國家，貨物在該國加工後的附加值應不低於貨物總價的40%；或者用於生產貨物的非原物料的價值占貨物總價的比例不超過60%。