鎮人民政府和街道辦事處應當按照職責做好畜禽養殖汙染防治工作，協助有關部門開展畜禽養殖汙染防治工作。第五條市、縣(市、區)人民政府生態環境主管部門負責畜禽養殖汙染防治的統壹監督管理。
市、縣(市、區)人民政府農業農村主管部門負責畜禽養殖廢棄物綜合利用的指導和服務。
市、縣(市、區)人民政府發展和改革、財政、自然資源、林業等主管部門按照各自職責，做好畜禽養殖汙染防治工作。第六條從事畜禽養殖、畜禽養殖廢棄物綜合利用和無害化處理的，應當依法履行畜禽養殖汙染防治義務。
以公司加農戶模式進行畜禽養殖的，公司應當指導農戶采取措施防治畜禽養殖汙染。第七條村民委員會、居民委員會可以組織制定和實施防治畜禽養殖汙染的村規民約、居民公約，對村民和居民進行防治畜禽養殖汙染的宣傳教育。發現本轄區內有畜禽養殖汙染行為的，應當予以制止並報告生態環境主管部門或者鎮人民政府、街道辦事處。
畜禽養殖協會應當加強畜禽養殖行業自律和誠信建設，預防和減少畜禽養殖環境汙染。第八條市、縣(市、區)人民政府應當鼓勵和支持畜禽養殖汙染防治的技術研究、設備研發和先進適用技術的推廣應用，促進畜禽養殖汙染防治水平的提高。第九條公民、法人和其他組織有權向生態環境等主管部門舉報畜禽養殖汙染的違法行為。受理舉報的部門應當及時受理並調查處理。
公民、法人和其他組織發現本市各級人民政府和市、縣(市、區)人民政府生態環境主管部門不依法履行職責的，有權向其上級機關或者監察機關舉報。
受理舉報的機關應當向實名舉報人反饋相關信息，並對舉報人的相關信息予以保密，保護其合法權益。第十條市、縣(市、區)人民政府應當按照有關規定，對防治畜禽養殖汙染做出顯著成績的單位和個人給予表彰和獎勵。第二章預防第十壹條市、縣(市、區)人民政府農業農村主管部門會同生態、環境主管部門，統籌考慮環境承載能力和畜禽養殖汙染防治要求，科學確定和合理安排畜禽養殖品種、規模和總量。第十二條市、縣(市、區)人民政府生態環境主管部門會同農業和農村主管部門編制畜禽養殖汙染防治規劃，報同級人民政府或者其授權的部門批準後實施。
畜禽養殖汙染防治規劃應當與畜牧業發展規劃、土地利用總體規劃、城鄉規劃等相銜接。，與畜禽養殖生產布局統籌考慮，確定畜禽養殖汙染防治的目標、任務和重點區域，明確重點汙染防治設施建設和廢棄物綜合利用等汙染防治措施。第十三條市、縣(市、區)人民政府生態環境主管部門應當會同農業、農村、自然資源、水利、林業等主管部門，依據法律法規和相關技術規範的規定，劃定或者調整本轄區內的畜禽禁養區，征求公眾意見，報本級人民政府批準後實施，並向社會公布。
禁止在畜禽禁養區內飼養畜禽。第十四條畜禽養殖場、養殖小區和養殖戶養殖場所應當符合畜禽養殖汙染防治規劃，符合當地環境承載能力、汙染物排放總量控制和動物防疫要求。
新建、改建、擴建畜禽養殖場和養殖小區應當依法進行環境影響評價。第十五條畜禽養殖場、養殖小區應當根據養殖規模和汙染防治需要，按照法律法規和其他相關要求建設相應的雨汙分流、糞便儲存、廢棄物綜合利用和無害化處理設施。
畜禽養殖場、養殖小區的汙染防治配套設施必須與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。未建設汙染防治配套設施、汙染防治配套設施不合格或者未委托他人對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理的，畜禽養殖場、養殖小區不得投入生產或者使用。
畜禽養殖場、養殖小區應當保證其配套的汙染防治設施正常運行，建立設施運行管理臺賬，記錄設施運行和汙染物處理、排放、綜合利用情況，並保存記錄項目的原始記錄。