(壹)宣傳和貫徹有關法律、法規和規章；
(二)編制流域和區域水資源綜合規劃、專業規劃和中長期水資源供需計劃；
(三)負責取水許可管理，制定和實施水量分配和調度方案；
(四)征收水資源費及相關費用；
(五)調解水事糾紛，查處水事違法行為。第六條自治州、縣水行政主管部門的水行政監督執法機構應當完善管理制度，改善執法條件，做好水行政綜合執法工作。
鄉(鎮)水管理機構，受縣級水行政主管部門委托，負責本鄉(鎮)水資源的管理和服務。第七條自治州、縣人民政府發展改革、環境保護、建設、國土資源、林業、農業、交通等行政主管部門應當按照各自職責，做好水資源的開發、利用、節約和保護工作。第八條自治州、縣人民政府對在開發、利用、節約、保護、管理和防治水害工作中做出顯著成績的單位和個人，給予表彰和獎勵。第九條自治州、縣人民政府應當制定優惠政策，鼓勵州內外單位和個人依法開發利用水資源，投資興建水庫、電站等水利工程，建設水井、水壩、水庫、溝渠、機電井、泵站等農村小型水利工程。誰投資誰受益，保護自己的合法權益。第十條自治州、縣人民政府應當妥善安置水工程建設移民，保障其生產生活，保護其合法權益。第十壹條需要申請取水許可的新建、改建、擴建項目，有關行政主管部門在批準項目前應當征求水行政主管部門的意見。第十二條經自治州、縣水行政主管部門批準的水資源開發利用項目，應當自批準之日起30日內向社會公布。
經批準的取水建設項目在1年內未開工的，取水申請批準文件自動失效，由原審批機關予以公告。第十三條直接從江河、湖泊和地下取用水資源的單位和個人，應當向水行政主管部門申請取水許可，並依法繳納水資源費。
取水許可證有效期壹般為5年，最長不超過10年，實行定期檢驗制度。第十四條符合下列條件之壹的取水單位和個人，免辦取水許可證:
(壹)農村集體經濟組織及其成員使用集體經濟組織的水塘、水庫、水池、水窖取水的；
(二)農村家庭生活飲用水和畜禽飲用水；
(三)消除對公眾安全或者公眾利益的危險；
(四)為保證礦山等地下工程的施工安全和生產安全，臨時應急取水(排水)；
(五)農業抗旱和維護生態環境的臨時應急用水。第十五條禁止偽造、塗改、出租、轉讓取水申請批準文件和取水許可證。第十六條取水單位或者個人應當在取水口安裝符合國家技術標準的計量設施，並保持其正常運行。第十七條自治州、縣留用的水資源費全額納入同級財政專戶管理。水行政主管部門應當提出水資源費年度使用計劃，報同級人民政府批準後實施。第十八條在城市自來水供水管網覆蓋範圍內，禁止新建、改建和擴建取用地下水的設施。對已經建成的，水行政主管部門應當進行普查，嚴格管理，逐步減少用水量，並按照城市供水綜合水價征收水資源費。第十九條各級人民政府應當劃定河流、湖泊及飲用水水源、風景名勝區和水工程的管理範圍和保護範圍，並設立標誌。第二十條各級人民政府應當采取措施，加大退耕還林和植樹造林力度，加快水源涵養林和水土保持林建設，保護自然植被，涵養水資源。第二十壹條在河流、湖泊、水工程及其管理範圍內開發建設項目和從事水產養殖、旅遊、體育、餐飲等活動，有關部門在辦理審批手續前應當征求水行政主管部門的意見。
工程竣工驗收時，水行政主管部門應當參加。