壹、農村征地補償糾紛的主要原因:
1.法律對農村土地征收補償費的性質和權屬規定不明確。征收承包地以外的農村集體土地，征收方向農村集體經濟組織支付地上附著物和青苗的補償費和安置補助費，法律法規對其權屬沒有明確規定。由於農村土地所有權的立法界定不明確，大量的補償費農民無法掌握，嚴重損害了農民的利益。按照現行法律規定，青苗補助和地上附著物補償費應分配給物主，通常由農民個人享有；安置補助費按國家規定由集體經濟組織享受，自謀職業的發給農民個人。但是，目前的立法模式並沒有對“集體”進行嚴格的界定。現實中，農村集體土地壹般有三種模式，即鄉鎮集體所有、村民委員會集體所有和村民小組集體所有。相反，所有權主體的多層次性和不確定性的規定，造成了集體土地所有權主體的缺位，導致集體土地人人有，無人有權。因為農村是以家庭承包經營為基礎，大部分農村集體經濟組織是在統分結合的雙層經營體制後解散的。原本屬於鄉鎮、村集體經濟組織所有的土地，已經分發給各村民小組的農民進行承包經營，土地最初分配時，大部分土地權屬登記手續並不完善。在土地未被征用時，這種潛在的權屬不清問題壹般不會被註意到，但在面臨補償時，三個主體都在爭奪土地補償。即使是村民小組所有的土地被征收後，也存在著大量的鄉鎮克扣補償款的不正常現象，很少有補償款落實到真正的土地所有者手中。
2.農村土地征收國家補償標準不合理。我國《土地管理法》規定的土地補償費和勞動安置費是按照被征用土地前三年平均年產值計算的，計算補償標準的依據是農用地年產值，而土地補償費的確定在很大程度上與被征用土地的區位、區域經濟發展和區域基礎設施條件密切相關， 但與土地年產值的相關性不明顯，法定征地補償標準與土地實際產值相比往往失真。 由於政府作為利益相關者分享土地征收的收益，而被征收方很少參與征收過程，很多地方政府往往按照法定最低標準進行補償，甚至達不到法定最低標準。在自由裁量權的管轄範圍內，明顯不公平的不合理現象更為普遍。實踐中，政府往往以支付低補償費的對價取得土地，然後以高額的土地使用權轉讓費轉讓給市場，而失去土地的集體組織和農民卻無法從增值中獲益。
3.賠償程序不完善，司法救濟難以到位。雖然補償過程中有公告和聽證的規定，但農民實際參與聽證沒有保障渠道。根據法律規定，市、縣人民政府土地行政主管部門應當會同有關部門制定補償方案，並在制定補償方案後通過公告告知農民，只有在農民提出的意見確實需要修改的情況下才改變補償方案，極大地限制了農民的參與權。此外，發生糾紛後，法院往往因為征地補償案件不是民事案件而不予受理，司法保護無法實現。現有的征地補償法律法規沒有為不服裁決的人提供救濟渠道。《土地管理法》第十六條的規定主要是土地所有權和使用權權屬爭議的救濟渠道，但不包括征地補償爭議的處理。根據現行《土地管理法》規定，征收當事人不能就征地補償標準達成壹致的，由征收部門進行裁決，裁決為終局裁決，相對人不能向人民法院提起訴訟。這種制度安排賦予了催收者太多的權力，而催收者卻連最起碼的司法救濟權都沒有。雙方攻防武器嚴重失衡，容易造成被征收人利益受損。
土地征收糾紛是在集體土地征收過程中，被征地農民、村委會、用地單位、政府之間發生的糾紛。這類糾紛的特殊主體往往表現為:壹方是政府或開發商，另壹方是農民。由於主體的特殊性，在處理此類糾紛的過程中可能存在地方保護主義，此類案件數量多極有可能引發群體性事件，對辦案人員的要求較高。只有充分掌握專業知識和案情，有足夠的智慧和勇氣，才能處理好此類案件。
二、如何正確處理農村征地補償糾紛
法律處理方式主要包括行政訴訟、行政復議、行政復議裁決、民事訴訟、征地補償協調、裁決等。應根據個案的不同特點啟動不同的法律程序。
1，征地糾紛行政復議
行政復議:是指公民、法人或者其他組織對行政主體作出的具體行政行為不服，認為行政主體的具體行政行為侵犯其合法權益，依法向法定行政復議機關提出復議申請，行政復議機關依法對具體行政行為的合法性和適當性進行審查，並作出行政復議決定的行政行為。它是公民、法人或其他組織通過行政救濟解決行政爭議的壹種方法。
行政復議最大的特點就是可以跳出某個領域。如果對某省國土資源廳的行為不服，可以向國土資源部申請復議。如果在辦案過程中擔心某地存在地方保護，就應該選擇這樣的救濟渠道。
2.征地糾紛的行政訴訟
行政訴訟是指公民作為法人不服具體行政行為，向人民法院提起訴訟，由人民法院審理並作出判決或裁定的司法程序。也就是我們通常所說的“民告官”，是解決行政爭議的壹項重要制度。
3.土地征用糾紛中的民事訴訟。
在土地征收糾紛中，大部分訴訟是行政訴訟，很少是民事訴訟。但是，並不是所有的程序都必須是行政訴訟，有時候也可以走民事訴訟程序。比如對於非法占地，可以從民事角度起訴民事侵權，要求停止侵害、賠償損失、恢復原狀。對於已經簽訂的征地補償協議，如果在協議簽訂過程中存在脅迫等手段，從民事訴訟的角度來看，協議將被撤銷。總之，在辦案時，要開動腦筋，而不是專註於行政訴訟。如果民事訴訟對我們更有利，那就盡量走民事訴訟的程序。征地糾紛中經常發生的民事糾紛包括:征地補償協議糾紛；土地侵權糾紛；土地承包經營糾紛。
4、征地補償協調獎。
征地補償裁決也可稱為征地補償協調裁決，是指由縣級以上地方人民政府對有爭議的補償標準進行協調；協調不成的，由批準征地的人民政府決定，這是國家為減少和解決征地糾紛而實行的壹項制度。該機制可分為兩部分。壹個是協調，而不是裁決。協調是裁決的前沿，不協調的不能進入裁決。
兩級政府在申請協調中相互推諉的，應當在協調期限屆滿時向征地審批機關申請裁決。如果省內沒有協調裁決辦法或者協調裁決辦法沒有規定需要多長時間，建議60天後申請裁決。
5、征地爭議聽證制度。
征地爭議聽證制度是指主管部門在征地爭議中作出行政處罰和行政許可決定、制定規章和規範性文件時，應當遵循公開、公平、公正和便民的原則，充分聽取公民、法人和其他組織的意見，保障其陳述、質證和申辯的權利的壹項制度。可以分為兩類，壹類是主管部門依職權組織的聽證，壹類是申請人提出申請後才組織的聽證。
依職權組織的聽證會包括:制定或修改基準地價；編制或修訂土地利用總體規劃和礦產資源規劃；制定或修訂地區征地補償標準；制定規章和規範性文件；主管部門規定的其他情形。
申請人申請需要組織的聽證會包括:擬定擬征地項目的補償標準和安置方案；制定非農建設占用基本農田的規劃。處以較大罰款、責令停止非法勘查或者非法開采、吊銷勘查許可證或者采礦許可證等行政處罰；國有土地使用權、探礦權、采礦權許可直接涉及申請人與他人之間重大利益關系的；法律、法規或者規章規定的其他情形。
聽證是被征地農民參與征地審批、表達意見和了解案情的重要途徑。有關各方應重視這壹權利並積極參與。有的地方在征地時沒有告知失地農民申請聽證的權利，有的地方告知了村委會申請聽證的權利，但村委會沒有告知村民決定不申請聽證，侵犯了失地農民申請聽證的權利。