究其原因，在於兩部法律規範在主體、行為性質、采購目錄和限額標準、內涵、實施程序、采購代理等方面的差異。
首先，規範的主體不同
《政府采購法》規定的采購人是各級國家機關、事業單位和團體組織。
《招標投標法》規定的采購主體是無限的，涵蓋了在中國境內進行招標活動的任何主體，包括私營企業和其他非法人組織。
第二，規範的行為不同。
《政府采購法》規範政府采購行為。這種行為不僅包括招標，還包括競爭性談判、單壹來源采購和詢價采購。
《招標投標法》對招標投標行為進行了規範。是指招標人以招標公告或投標邀請書的方式公開選擇賣方的壹種交易方式；
同時，從行為的過程來看，政府采購行為比招投標行為更長、更復雜。
三是采購目錄和配額標準不同。
政府采購按預算隸屬關系由國務院和省級政府或授權部門制定並公布；
招標辦法由國家發展改革委會同有關部門制定，報國務院批準後公布。
第四，法律責任不同
《政府采購法》屬於行政法範疇，規範政府機關和單位如何管理和規範政府采購行為，因此強調行政責任；
招投標法屬於民法和經濟法的範疇，招投標行為是民事行為，所以強調民事責任。
《政府采購法》和《招標投標法》調整不同的法律關系，有嚴格的區別。政府采購是政府改革財政支出管理、調節經濟運行的壹項基本制度，其重點是解決政府內部財政資金如何花的問題，屬於政府內部事務；
招標是業主首先提出項目采購的條件和要求，邀請眾多投標人參加投標，並按照規定的格式從中選擇交易對象的壹種市場交易行為。
第五，包含不同的內涵。
“招標”分為公開招標和邀請招標，是《政府采購法》規定的法定采購方式。《招標投標法》適用於政府采購項目，僅適用於招標投標活動。但招標投標程序之外的其他活動和管理也要遵循《政府采購法》，否則就與政府采購程序相沖突。
“政府采購”是政府部門采購行為以及對這種采購行為實施政府采購制度的簡稱。其內涵要豐富得多，不僅包括行為本身，還包括規範采購行為的政府采購制度。
就政府采購行為而言，包括政府采購主體、資金性質、采購對象等。規範政府采購行為的采購制度更加豐富，以政府采購法為核心，包括招標投標法、合同法、行政復議法、行政訴訟法等壹系列法律法規。在政府采購制度中，不僅有政府采購方式，還有其適用條件和法定采購程序，自然也包括對“招投標”的規制。
所以，從招投標和政府采購的內涵來看，“政府采購”和“招投標”是包容的，不是等同的。
六、執行不同的程序
政府采購程序始於采購預算的編制，止於采購資金的支付。政府采購程序比招標投標程序長得多，包括政府采購預算的編制、計劃審批、招標文件的制作和發售、招標、合同備案管理、接受供應商的質疑和投訴、項目完成後的檢查驗收、采購資金的支付等。
招標程序從編制招標文件開始，到確定供應商結束。“招標”只能規範從編制招標文件到招標後確定供應商的部分采購程序，而不能規範其余的政府采購環節。可見，招投標只是政府采購程序中的壹部分，即“政府采購”程序中包含了“招投標”程序。
七、采購機構不同。
《政府采購法》第七條將集中采購與分散采購相結合。集中采購的範圍由省級以上人民政府公布的集中采購目錄確定。中央預算內政府采購項目的集中采購目錄由國務院確定並公布；屬於地方預算的政府采購項目的集中采購目錄，由省、自治區、直轄市人民政府或者其授權的機構確定並公布。列入集中采購目錄的政府采購項目應當實行集中采購。
《政府采購法》第四條政府采購法中的集中采購，是指采購人委托集中采購代理機構采購列入集中采購目錄的項目或者分部門進行集中采購的行為；分散采購，是指采購人自行采購未列入集中采購目錄的采購限額以上的項目或者委托采購代理機構代為采購的行為；
《招標投標法》對招標代理機構沒有限制性規定，具有招標代理資格的機構可以開展招標代理活動。
壹般來說，無論是政府采購還是政府采購都要控制，而且必須屬於政府行為，由政府來分配。但有些招標投標不屬於政府行為，不受《政府采購招標投標法》限制，可以自行籌集資金卻受《招標投標法》管制。
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