2003年至2007年，省局(公司)獲得“全國精神文明建設先進單位”、“全國群眾體育先進單位”、“中華慈善事業突出貢獻獎”、“省級文明行業”等20多項榮譽。2008年被中央文明委授予“全國文明行業”稱號，被國家煙草專賣局、公安部授予“全國卷煙打假特別貢獻獎”稱號，被審計署授予“全國內部審計先進單位”榮譽稱號。機關工會被中華全國總工會授予“全國勞動模範之家”稱號，全省煙草商業系統被湖南省委、省人民政府授予“省級文明行業”稱號。
2009年，在黨的十七大和十七屆三中全會精神的指引下，湖南煙草專賣局系統將深入貫徹落實科學發展觀，繼續打造“嚴謹、規範、高效、活力”的湖南煙草，以防止煙葉過熱、提升卷煙質量、實現稅利增長為主要任務。 圍繞打造湖南煙草商業服務品牌形象和提升企業競爭實力，進壹步夯實基礎，深化改革，努力推動全省系統持續健康發展。
內部機構和職責
(1)辦公室(外事辦公室)
負責組織制定省局(公司)政務管理規章制度，維護機關工作秩序；負責督辦省局(公司)局長、總經理辦公會議決定的事項；負責協助省局(公司)領導了解和掌握全局，協調部門之間的工作，確保工作到位；負責主持重要會議，組織起草重要材料；負責公文處理、文秘、政務信息、檔案、機要、保密、信訪、外事、接待、統戰、值班等工作；負責督辦NPC代表和CPPCC委員的建議；負責協調與煙草行業系統的關系；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(2)綜合計劃部(經濟運行部)
根據國家局和總公司的總體規劃和年度計劃，負責研究提出全系統的長遠發展規劃和年度發展計劃；負責制定、組織和實施全系統經濟運行控制方案，對經營活動進行綜合分析、預測和監控，解決經濟運行中的重大問題；負責依法實施煙草專賣品價格管理，收集整理卷煙經營信息；負責編制下達全系統卷煙、煙草流通年度、季度計劃，調度全系統卷煙、煙草流通，進行庫存分析；負責全系統各項經濟指標的制定和考核；負責全系統固定資產投資項目和基建項目的審批、核準和歸口管理；負責全系統對外經濟技術合作；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(三)壟斷監督管理辦公室(壟斷稽查總隊、內部壟斷管理監督辦公室)
負責監督檢查煙草專賣法律、法規和規章的執行情況；負責制定並組織實施全省煙草系統的專賣監督管理和工商企業內部專賣監督管理的規章制度；負責煙草專賣許可證、煙草專賣品運輸許可證等各類專賣管理證件的管理；負責對全省煙草專賣品生產經營活動的監督檢查，查處違法違規案件，打擊違法行為，保護合法經營；負責組織協調全省卷煙打假和走私工作；負責罰沒物資和罰款的管理；負責對市專賣管理局的監督和考核；負責組織指導市、縣局開展本級監管和內部生產經營活動的日常監管，對下級局的內部管理進行監督檢查；負責全系統行政執法錯案責任追究；負責實施壟斷信息化建設；完成省局(公司)交辦的其他工作。
(4)政策法規和體制改革司
負責監督檢查國家有關法律、法規和行業規章制度的執行情況，研究提出實施意見；負責審查全系統規章制度和規範性文件；負責制定並組織實施全系統改革總體方案；負責全系統企業單位的設立、分立、合並和撤銷；負責學習法律法規，辦理法律事務、法律咨詢和行政復議；負責審查省局(公司)及其所屬企事業單位的重大經濟合同；負責相關行政執法證件的管理；負責全系統的法律法規宣傳教育和普法工作；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(5)財務管理辦公室
負責監督下屬企事業單位執行財經法規、財稅制度、財務會計政策和遵守財經紀律的情況；負責制定全系統的財務管理制度；負責通過財務管理、預算管理、資產管理、資金管理和重大財務事項審批，指導所屬企事業單位對資產管理實施內部監督和風險控制，確保國有資產保值增值；負責全系統大宗物資的集中采購；負責基金管理中心的工作；負責組織年度財務預決算，編制財務報表，分析財務狀況；負責組織實施會計電算化和財務信息系統的管理；負責省局(公司)機關的會計核算和財務管理；負責制定全系統國有資產保值增值率等考核指標，檢查和考核各單位的完成情況；負責調度和監督國有資產的轉讓和處置；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(6)審計局
負責組織和指導全系統企事業單位開展審計工作；負責對下屬企事業單位的財務收支和經濟效益進行審計；負責對下屬企事業單位違反財經法規的行為進行專項審計和專項審計調查，提出處理意見；對下屬企事業單位負責人進行任期屆滿和離任經濟責任審計、經營目標責任審計和基建預決算審計；負責受理下屬企事業單位對審計結果的投訴；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(七)科學技術部
研究制定全系統科技發展規劃；負責全系統科技管理工作；負責承擔相關標準化工作；負責科技創新、科技交流與合作、專利申請、成果推廣和獎勵；負責組織科技項目的申報、初審及相關管理工作；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(八)人事勞動部門(職業技能鑒定站、離退休人員管理辦公室)
負責組織管理全系統的幹部人事、勞動工資、社會保險和人力資源配置；制定人事、勞動、教育、社會保障等規章制度。整個系統的；負責省局(公司)領導幹部和省局(公司)機關及直屬單位幹部的調配、任免、考核、晉升、獎懲、教育等工作；負責下屬企事業單位領導班子建設；負責全系統收入分配的宏觀調控，承擔薪酬委員會的日常工作；負責省局(公司)機關的勞動工資、勞動保險和福利管理；負責下屬企事業單位內設機構和人員編制的審批和管理；負責省局(公司)領導幹部政審和出國人員因私護照管理；負責省局(公司)教育培訓工作，指導下屬企事業單位開展職工教育培訓；負責全省行業鑒定中長期工作規劃和年度鑒定計劃的編制、修訂和實施，全省鑒定站題庫管理、鑒定考核、證書管理、競賽管理和質量管理體系的規劃、建立和運行；負責專業技術人員的管理和中級專業技術職務的資格評審和聘任；負責管理省局(公司)黨管幹部檔案；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(9)思想政治工作部(與黨委、工會合署辦公)
負責貫徹上級黨組織和省局(公司)黨組思想政治工作精神；負責制定全系統思想政治工作計劃和意見；負責組織和指導全系統企事業單位的思想政治教育、精神文明建設和文化建設；負責機關黨建工作，了解和研究全系統基層黨組織建設情況，指導下屬企事業單位配合地方組織開展黨建工作；負責全系統職工思想政治工作研究會的日常工作；負責省局(公司)機關工、青、婦等群眾組織工作，指導全系統工會工作；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(十)監察部(與黨組紀檢組合署辦公)
負責維護黨章和其他黨內法規，保證黨的路線、方針、政策的貫徹執行；負責加強廉政建設，開展黨風、黨紀和廉潔勤政教育，抓好黨風廉政建設責任制的落實；負責監督檢查國家法律法規和行業及省級局(公司)有關規章制度的執行情況；負責履行本級監察職責，對省局(公司)黨組及其成員、行政監察對象和有關行政部門進行行政監察；負責受理對企事業單位黨組織、黨員和行政監察對象違法違紀行為的檢舉和控告；負責調查處理所屬企事業單位、黨員和行政監察對象的違法違紀案件和其他重大問題，提出建議；負責受理黨員對紀律處分的申訴和行政監察對象對紀律處分的申訴；負責完善監督機制，加強監督和再監督；完成上級紀檢監察機關和省局(公司)領導交辦的其他工作。
(11)安全辦公室
負責組織、指導所屬企事業單位貫徹執行國家有關安全生產的法律、法規和政策，並對執行情況進行監督檢查；負責制定全系統安全工作的管理辦法、規範和標準，並監督檢查執行情況；負責全系統重大安全事故的應急響應、調查和協調；負責監督檢查安全隱患整改措施的落實情況；負責收集、整理全系統安全工作信息，上報安全工作情況；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(十二)投資管理處
負責監督管理全系統的多元化投資；負責編制全系統多元化投資管理發展規劃，制定多元化投資管理措施和規章制度；負責省局(公司)機關及其下屬企事業單位多元化投資項目的審核和審批；負責掌握和分析多元化業務的發展趨勢，指導多元化企業的管理活動；負責監管多元化投資形成的資產，實現國有資產保值增值；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(13)煙草管理處
負責煙葉收購國家標準和國家局關於煙葉生產、收購、流通的方針政策的貫徹執行；負責制定全系統煙草管理的規章制度；負責全系統煙葉國家標準的管理；負責煙葉收購的監督、協調和服務；負責組織實施全省煙葉種植、收購、復烤、儲存和調撥計劃；負責全省煙草購銷合同和加工合同的管理；負責全省煙草農業科技成果的推廣應用和科技創新；負責全省烤煙產、供、銷的統計信息工作；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(十四)卷煙銷售管理處
負責規劃、指導和管理全系統卷煙銷售網絡和卷煙儲運的建設；負責制定全系統卷煙業務發展規劃，指導下屬企業制定本單位卷煙銷售的規章制度，監督下屬企業的銷售行為，檢查經營活動中規章制度的執行情況；負責組織實施全系統卷煙業務年度計劃，制定卷煙業務考核辦法；負責調控全系統卷煙品牌和銷量；負責協調卷煙訂購貨源的組織和銜接；負責監督檢查卷煙價格的執行情況；負責建立全系統卷煙經營信息平臺，分析全系統卷煙經營情況，為卷煙經營決策提供信息支持；完成省局(公司)領導交辦的其他任務。
(15)後勤管理處
主要負責全省物流建設的組織、指導、協調和管理；負責制定全省物流建設規劃並組織實施；負責組織省內物流項目的技術論證和評審，組織建立物流配送中心；組織制定全省物流運營管理規範，推動行業物流標準的實施；負責全省物流信息化建設，組織協調、實施工商壹體化物流對接；開展物流培訓、標準實施、對標、評估和考核；負責相關教育培訓，加強團隊建設。
(16)信息中心
負責全省煙草系統信息化規劃的編制和實施；負責系統信息系統、數據中心、行業監管、業務應用管理、決策支持和平臺支撐四大信息管理系統的建設和管理；負責全省信息網絡、數據通信和系統的安全管理和運行維護；負責組織全省計算機軟硬件的招標采購；負責省局計算機系統的建設和管理以及門戶網站的建立、運行和維護；負責全省系統信息化工作隊伍的建設。
(十七)煙草協會秘書處
負責系統學會的學術研究活動；組織實施科研咨詢和學術交流；配合有關部門普及煙草科學技術，推廣先進生產技術和管理經驗；編輯出版《湖南煙草》雜誌；承擔系統溝通團隊的建設和管理；承擔系統的宣傳報道工作；負責組織研究所的研究工作。
(十八)服務中心。
負責省局(公司)機關固定資產和辦公用品的管理；負責設施、設備和動能的管理；負責辦公費用和水、電、氣、房屋維修費用的成本控制和管理；負責機關福利和職工食堂的管理及物資供應；負責環境、綠化和衛生管理；負責機關安全和社會治安的綜合治理；負責機關工作人員勞務用工管理；負責政府雇員的醫療保健管理；負責機關車輛管理；負責協調機關與當地政府、社區及相關部門的工作。
(十九)湖南省煙草質量監督檢測辦公室
負責對轄區內銷售或查獲的國內外卷煙產品進行真偽鑒定和檢測，為卷煙打假提供技術支持；監督轄區內卷煙、煙葉、煙草材料及其他相關產品的質量；承擔轄區內煙草制品的委托檢驗、新產品鑒定等相關檢驗檢測任務。
(二十)中國煙草中南農業試驗站。
負責組織實施技術創新和重大科研項目；負責煙草農業基礎科學和應用技術的研究；負責指導新技術的推廣應用。