縣級以上人民政府獸醫行政管理部門具體負責組織重大動物疫病的監測、調查、控制和撲滅等應急工作。
縣級以上人民政府林業主管部門、獸醫主管部門應當按照職責分工，加強陸生野生動物疫情監測。
縣級以上人民政府其他有關部門應當在各自的職責範圍內，做好重大動物疫情應急工作。第五條出入境檢驗檢疫機構應當及時收集境外重大動物疫情信息，加強對出入境動物及其產品的檢驗檢疫，防止動物疫病傳入和傳播。獸醫行政管理部門應當及時向出入境檢驗檢疫機構通報重大國內動物疫情。第六條國家鼓勵和支持重大動物疫病監測、預防和應急技術的科學研究和國際交流與合作。第七條縣級以上人民政府應當對參與重大動物疫情應急處理的人員給予適當補助，對做出貢獻的人員給予表彰和獎勵。第八條任何單位和個人有權對不履行或者不按照規定履行重大動物疫情應急處理職責的行為進行檢舉和控告。第二章應急準備第九條國務院獸醫主管部門應當制定國家重大動物疫病應急預案報國務院批準，並根據不同動物疫病的流行特點和危害程度，制定實施方案，報國務院備案。
縣級以上地方人民政府應當根據本地區的實際情況，制定本行政區域的重大動物疫情應急預案，並報上壹級人民政府獸醫行政管理部門備案。縣級以上地方人民政府獸醫主管部門應當根據不同的動物疫病及其流行特點和危害程度，制定實施方案。
重大動物疫情應急預案及其實施方案應當根據疫情發展和實施情況及時修訂和完善。第十條重大動物疫情應急預案主要包括以下內容:
(壹)應急指揮部的職責、成員單位的組成和分工；
(二)重大動物疫情的監測、信息收集、報告和通報；
(三)動物疫情的確認、重大動物疫情的分級和相應的應急處理工作方案；
(四)重大動物疫源地的追蹤和流行病學調查分析；
(五)預防、控制、撲滅重大動物疫病所需資金、物資和技術的來源；
(六)重大動物疫情應急處理設施和專業隊伍建設。第十壹條國務院有關部門和縣級以上地方人民政府及其有關部門應當根據重大動物疫情應急預案的要求，保障應急處理所需的疫苗、藥品、設施設備、防護用品等物資的儲備。第十二條縣級以上人民政府應當建立健全重大動物疫情監測網絡和防控體系，加強動物防疫基礎設施和鄉鎮動物防疫組織建設，保障其正常運轉，提高重大動物疫情應急處理能力。第十三條縣級以上地方人民政府根據重大動物疫情應急需要，可以成立應急預備隊，在重大動物疫情應急指揮部的指揮下，具體承擔控制和撲滅疫情的任務。
應急儲備隊伍由當地獸醫行政管理人員、動物防疫人員、相關專家和執業獸醫組成；必要時可以組織動員社會上有壹定專業知識的人參與。公安機關和中國人民武裝警察部隊應當協助他們依法執行任務。
應急儲備隊伍應當定期進行技術培訓和應急演練。第十四條縣級以上人民政府及其獸醫主管部門應當加強重大動物疫情應急知識和科普知識的宣傳，增強全社會防範重大動物疫情的意識。第三章監測、報告和公布第十五條動物防疫監督機構負責重大動物疫情的監測。飼養、經營動物和生產、經營動物產品的單位和個人應當予以配合，不得拒絕或者阻礙。第十六條從事動物隔離、疫情監測、疫情研究、診療、檢驗檢疫、動物飼養、屠宰、加工、運輸和經營等相關單位和個人。發現動物患病或者群體死亡的，應當立即向當地縣(市)動物防疫監督機構報告。