市安全生產監督、公安、交通運輸和發展改革、規劃、土地等有關行政管理部門，以及相關區縣(自治縣、市)人民政府按照各自職責，做好城市軌道交通的管理工作。
重慶市城市軌道交通運營單位(以下簡稱運營單位)具體負責城市軌道交通的建設和運營。第二章規劃和建設第五條城市軌道交通的規劃和建設應當遵循統壹規劃、多元投資、配套建設、集中管理的原則。第六條市建設行政主管部門應當根據城市軌道交通線網規劃，組織編制軌道交通專業規劃，經市規劃行政主管部門綜合平衡後，納入城市總體規劃。
編制城市軌道交通專業規劃時，應當合理安排軌道交通不同線路之間以及軌道交通與其他城市公共交通之間的換乘銜接。第七條城市軌道交通專業規劃實施前，市規劃行政主管部門應當會同市土地行政主管部門劃定城市軌道交通規劃控制區。
有關行政主管部門在審批城市軌道交通規劃控制區內的建設項目時，應當征求市建設行政主管部門的意見。第八條城市軌道交通建設規劃由市建設行政主管部門編制，按照有關規定經批準後實施。第九條城市軌道交通建設使用地下空間，不受其上方土地使用權的限制。
城市軌道交通建設應當防止或者減少對上方及周邊現有建(構)築物的不利影響。第十條城市軌道交通工程建設應當遵守有關法律、法規和規章對建設工程質量和安全標準的規定。
城市軌道交通工程竣工驗收後，方可投入運營。第三章運營與安全第十壹條城市軌道交通運營應當遵循規範運營、方便乘客、安全便捷的原則。第十二條市建設行政主管部門應當會同市安全生產監督管理部門制定本市城市軌道交通安全運營服務標準。
市建設行政主管部門應當制定城市軌道交通規則，乘客進站、乘車應當遵守規則。
運營單位應當按照安全運營服務標準的要求，安全運送乘客，保障乘客合法權益。第十三條電力、通信、供水等相關單位應當保證城市軌道交通電力、通信和供水的正常運行。第十四條運營單位應當按照國家和本市的有關規定，配置消防、防洪、報警、救援等安全設施和設備。第十五條運營單位應當履行下列安全運營職責:
(壹)組織制定安全操作規章制度和操作規程；
(二)確保安全運行投入的有效實施；
(三)加強安全運行的日常檢查工作，及時消除事故隱患；
(四)組織制定特殊情況下的應急預案和運行組織方案；
(五)及時、如實報告安全運營事故。第十六條運營單位的特種作業人員應當按照規定進行安全培訓，取得特種作業資格後，方可持證上崗。第十七條城市軌道交通運營安全事故發生後，運營單位應當按照應急預案，迅速采取有效措施組織救援，防止事故擴大，減少人員傷亡和財產損失，並及時向有關部門報告。第十八條城市軌道交通運營發生安全事故時，市有關行政主管部門、事故所在區縣(自治縣、市)人民政府以及電力、通信、供水等單位應當按照應急預案的規定組織應急救援，盡快恢復正常運營。第十九條發生自然災害或者安全事故，運營單位采取措施後仍難以確保城市軌道交通安全運營的，可以停止運營或者部分停止運營，但應當向社會公告，並向市建設行政主管部門報告。第二十條城市軌道交通運營發生故障，運營單位不能及時排除故障恢復運營的，運營單位應當組織乘客疏散或者安全換乘。第二十壹條城市軌道交通車站和車站出入口應當保持暢通，禁止在車站站臺、站廳和疏散通道內擅自設置商業攤點。第二十二條運營單位應當在城市軌道交通車輛和車站的醒目位置公布首末班車時間、換乘指示和乘車規則。第二十三條禁止下列危及城市軌道交通運營安全的行為:
(1)攔截列車；
(二)攜帶易燃、易爆、劇毒、放射性和腐蝕性危險物品進入城市軌道交通車站或者車廂；
(三)在非緊急情況下使用應急或者安全裝置；
(四)妨礙或者破壞車門、屏蔽門開關功能或者采用其他方法妨礙城市軌道交通系統設備正常工作；
(五)向列車、維修工程車輛等設施投擲物品；
(六)在城市軌道交通線路彎道內側修建影響行車視線的建築物(構築物)或者種植妨礙行車視線的樹木；
(七)擅自進入軌道、橋梁、隧道等禁區；
(八)跨越或者破壞隔離墻、護欄、防護網等安全防護設施；
(九)強行上下車；
(十)其他危害城市軌道交通安全運營、依據法律法規應當予以處罰的行為。