(1)辦公室。負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；負責機關日常工作的協調和監督；承擔信息、統計、安全、保密、信訪、政務公開、外事等工作。
(2)研究室。負責起草本市司法行政發展規劃和理論研究；負責司法行政改革和發展，重大問題的調查研究和決策建議；負責起草重要文件。
(3)法律事務部。負責指導和監督本市司法行政系統的法制工作，起草司法行政地方性法規；負責本市司法行政系統規範性文件的合法性審核；負責司法行政系統執法監督檢查；負責本市司法行政系統的行政復議、行政訴訟、國家賠償、司法救助等法律事務；負責本市仲裁機構的登記工作。
(4)法制宣傳部門。制定全市法制宣傳教育計劃並組織實施；負責法制宣傳教育和法制治理；負責法制建設和法治宣傳交流；負責司法行政系統的宣傳和新聞發布工作。
(5)律師公證管理處。負責指導和監督律師、公證員執行法律、法規和政策；負責律師執業證書的審核登記和公證員執業證書的審核發放；負責管理公證機構的設立、變更和註銷；負責在重慶設立的外國律師機構的管理；組織與律師、公證機構和企業的對外合作與交流；負責對律師事務所、公證處、律師和公證員違法違紀行為的調查處理；指導和監督企事業單位法律顧問的工作。
(六)法律援助管理處。指導和監督法律援助法律、法規和政策的實施；負責法律援助機構和法律援助人員的監督管理；指導社會組織和誌願者開展法律援助工作；組織法律援助工作的對外交流、合作和業務培訓。
(七)基層工作管理處。指導區縣(自治縣)司法行政部門管理基層司法所、人民調解委員會和司法助理隊伍建設；指導和監督人民調解和基層法律服務；負責本市基層法律服務所和基層法律服務工作者的年檢註冊；負責查處基層法律服務所和基層法律服務工作者的違法違紀行為。
(八)社區矯正工作管理辦公室。負責執行有關社區矯正和安置的法律、法規和政策；制定本市社區矯正和安置的規劃和計劃；組織協調有關部門解決社區矯正和安置中的重大問題；指導區縣(自治縣)社區矯正和安置工作。
(9)司法考試辦公室。承擔本市國家司法考試的組織實施工作；負責本市法律職業資格證書的管理；開展司法考試理論研究和對外交流；指導司法行政系統的法制教育；參與指導司法行政系統面向社會的法學教育和高等職業教育。
(十)司法鑒定工作管理辦公室。負責本市註冊司法鑒定機構和鑒定人的審查登記、資格管理和業務指導、監督檢查；負責調查處理司法鑒定機構和司法鑒定人的違法違紀行為。
(十壹)財務裝備部。指導司法行政系統的財務、物資裝備和基本建設管理工作；指導和監督司法行政系統中央政法補助、基建投資和市級轉移支付資金等專項資金的使用；負責司法行政系統槍支、彈藥、服裝和警車的配置；指導和監督監獄、勞教系統固定資產的投資和管理；負責機關及下屬單位的財務、國有資產和設備管理。政治部指導和監督司法行政系統的領導班子、幹警和作風建設；負責司法行政系統的編制和幹部人事工作；負責監獄、勞教單位正處級領導幹部的考察和任免，副處級領導幹部的任免備案；承擔司法行政系統的警務管理和警務監督工作；負責本系統專業技術職務的資格評審、聘任和管理；負責機關和司法行政系統幹部教育培訓工作。
下設幹部人事處、警察(警務督察大隊)和組織訓練處。
市司法局紀委和市監察局派駐監察室、審計局共同負責司法行政系統黨風廉政建設和紀檢監察工作；負責受理和查處機關及下屬單位有關人員的違法違紀案件；負責機關及下屬單位的內部審計；負責機關及所屬單位、監獄、勞教單位領導幹部的經濟責任審計。
機關黨委負責機關及所屬單位的黨群工作。
離退休人員辦公室負責機關離退休人員的管理，指導下屬單位離退休人員的工作。