本市其他地區的水汙染防治參照本條例執行。第三條市、區縣(自治縣、市)人民政府對本行政區域的水環境質量負責，市級有關部門的主要負責人在職責範圍內負責水汙染防治工作。
市人民政府將國家確定的水庫流域水汙染防治總體目標分解到區縣(自治縣、市)人民政府和市級有關部門，並組織考核。第四條各級環境保護行政主管部門(以下簡稱環境保護行政主管部門)對本行政區域內的水汙染防治實施統壹監督管理。主要職責是:
(壹)會同有關部門編制水汙染防治規劃；
(二)根據水汙染防治規劃，制定水汙染防治目標；
(三)監督檢查水汙染防治工作的實施情況；
(四)建立水環境監測網絡並定期發布水環境質量報告；
(五)履行法律法規規定的其他職責。
有關行政主管部門應當按照有關法律法規的規定和職責分工，配合環境保護行政主管部門對水汙染防治實施監督管理。第五條向庫區水體排放汙染物的企業事業單位和個人。(以下簡稱排汙單位)，負責其排放汙染物的控制。
排放汙染物給他人造成損失或者對水環境造成危害的，加害人應當排除危害，並予以賠償。第六條鼓勵采用清潔生產技術和先進實用技術，減少向水體排放汙染物，提高水資源的重復利用率。第七條建立和完善水汙染防治的社會化投融資機制，鼓勵多種經濟成分參與水汙染防治工程的建設和運營，推進水庫流域汙水、垃圾處理和生態環境保護的產業化。第二章水汙染防治的監督管理第八條長江幹流適用的水環境功能類別按照國家規定執行。
流域面積100平方公裏以上的二級河流和跨區縣(自治縣、市)的二級河流適用的水環境功能類別，由市環境保護行政主管部門在水功能區劃分的基礎上提出，報市人民政府批準。
適用於其他二級河流的水環境功能類別，由區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門在水功能區劃分的基礎上提出，報同級人民政府批準，並報市環境保護行政主管部門備案。
區縣(自治縣、市)人民政府應當采取有效措施，保證本行政區域的水環境功能符合國家規定的水環境質量標準。第九條水庫流域水汙染防治規劃由市環境保護行政主管部門會同規劃、水利等部門編制，經市人民政府審查批準後實施。
跨區縣(自治縣、市)的二級河流水汙染防治規劃由市環境保護行政主管部門會同有關部門、相關區縣(自治縣、市)人民政府編制，報市人民政府批準。
其他二級河流水汙染防治規劃由相關區縣(自治縣、市)人民政府編制，經市環境保護行政主管部門審核後報市人民政府批準。
水汙染防治規劃應當確定水庫流域重點汙染物排放量、重點汙染物定期削減目標、水汙染防治重點控制區域和重點排汙單位。
水汙染防治規劃由市和區縣(自治縣、市)人民政府分別組織實施。第十條縣級以上人民政府應當劃定飲用水水源、重要漁業水體、自然保護區和風景名勝區以及其他具有特殊經濟文化價值的水體等必要的水域和陸域，予以重點保護。具體辦法由市人民政府制定。第十壹條對排入水庫流域的重點汙染物實行總量控制制度。
市環境保護行政主管部門應當會同水利等有關行政主管部門，在水庫流域水汙染防治規劃中確定重點汙染物排放量，分年度下達到區縣(自治縣、市)和重點排汙單位。第十二條向水體排放汙染物的建設項目，不得超過本行政區域內重點汙染物排放總量。
對重點汙染物排放總量超過環境容量或者總量控制指標的地區，新增增加汙染物排放的項目，必須削減現有汙染物排放量，並征得市環境保護行政主管部門同意。第十三條當水流不能保證其自然凈化能力時，環境保護行政主管部門應當要求排汙單位削減汙染物，或者依法報請同級人民政府責令排汙單位停產停業。第十四條直接或者間接向水體排放汙染物的建設項目，必須執行環境影響評價制度和汙染防治設施與主體工程同時設計、同時施工、同時投產的制度。
環境保護行政主管部門在審批可能造成跨行政區域水汙染的建設項目的環境影響評價報告(表)時，應當征求鄰近下遊區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門的意見。不能達成壹致意見的，報上級環境保護行政主管部門裁決。