(1)辦公室。
負責相關文件、督查、會議、消息、文件、接待、後勤保障、網站建設和維護等日常工作；承擔信訪、信息、保密等工作；承擔事業單位財務和資產管理工作。
(2)總則部分。
組織起草綜合材料和文件；承擔法律法規、規範性文件、重要文稿和對外協議的起草或審查工作；規範本局行政審批事項和行政執法行為，承辦行政復議和應訴，組織行政處罰聽證；負責政務公開、協調宣傳、新聞等工作；負責綜合協調。
(3)產業政策與規劃部。
貫徹國家和省的產業政策和科技創新政策；綜合擬訂科技、工業、貿易的中長期規劃和年度計劃，擬訂和制定工業、商貿流通和信息化的產業規劃和政策，並監督實施；提出促進科技創新、產業結構調整、融合發展和管理創新的政策建議和實施方案；承擔市自主創新工作聯席會議的日常工作；開展工業研究；組織軟科學研究。
(4)經濟運行和統計監測科。
監測分析工業商貿運行情況，研究提出近期工業商貿經濟主要預測指標；負責日常經濟運行調整，研究提出調控目標和建議；組織解決經濟運行中的重大問題和生產中涉及的政策問題；承擔重點企業經濟和科技領域基礎數據的監測、收集、整理、發布和分析工作；負責對外貿易、利用外資和服務貿易的監測、統計和分析；牽頭組織科技進步評估。
(5)策劃部。
負責編制工業發展資金、節能專項資金、科技研發資金、中小企業扶持資金等資金中長期使用規劃和年度安排；負責各種資金計劃的協調和綜合平衡；承擔預算申報、經費削減和資金撥付工作；負責組織資金使用的績效評價。
(六)審批部門(行政服務窗口)。
受理本局面向社會的行政審批事項；辦理、轉發和分發相關證書和批準文件；承擔業務受理相關政策和處理的咨詢工作；負責各類審批事項的年審。
(7)高技術產業板塊。
編制和實施高新技術開發和產業化的規劃和計劃；組織實施高新技術領域的科學技術研究和高新技術產業化項目；組織申報和協調管理國家和省高新技術及產業化項目；協調高新技術產業開發區等園區建設，組織申報高新技術產業基地；會同有關部門申報認定創新型企業和自主創新產品；組織高新技術企業和高新技術產品的申報；組織實施國家、省、市創新基金(基金)項目。
(八)科技成果板塊。
制定科技成果的評價、登記、科學技術獎勵和技術保密的管理辦法並組織實施；承擔科學技術獎勵和評審委員會辦公室的日常工作，指導科技成果信息庫和專家庫的建設；承擔技術合同的認定和登記工作；負責技術性收入免征營業稅的初審；編制並組織實施年度科技成果重點推廣計劃和重點新產品計劃；指導和監督技術市場，承擔科技服務業管理；指導科技專業鎮的技術創新；配合有關部門開展科普和科技人才工作；負責社會發展和民生科技。
(9)產學研合作部。
牽頭制定產學研合作政策措施，編制產學研合作發展規劃和年度計劃，組織落實產學研合作專項資金；負責組織建設產學研創新聯盟、產學研結合示範基地和產學研創新平臺；負責組織重大科技項目攻關；推進企業科技特派員計劃；認定和支持市級公共實驗室，支持國家重點實驗室在我市建立分支機構；負責科技企業孵化器的認定和管理；組織高校、科研院所與我市企業開展項目(技術)對接；推動建立以企業為主體、產學研緊密結合的技術創新體系；承擔珠海市推進產學研合作領導小組的日常工作；承擔高等學校與地方政府的合作。
(10)知識產權科。
研究專利發展戰略，協調知識產權方面的重大問題，承擔市知識產權聯席會議的日常工作；組織知識產權宣傳和培訓；負責知識產權專項資金的申報、管理和使用，組織實施專利獎勵、專利申請資助、專利實施計劃以及知識產權優勢企業的培育和認定，指導企業開展專利工作和技術保密工作；組織專利行政執法；提供知識產權政策法律咨詢，指導和監督知識產權協會和專利中介機構；配合涉外專利糾紛和知識產權糾紛引起的反傾銷調查。
(十壹)技術改造和技術創新部門。
推進企業技術改造和技術創新體系建設；指導企業質量管理、品牌建設和工業設計；承擔企業技術中心、工程技術研發中心和科技基地的建立和認定；組織審核、上報和辦理需各級審批、核準和備案的技術改造投資項目。
(12)資源與綜合利用司。
指導節能降耗工作，制定節能降耗相關規劃和政策，並組織實施；組織協調推進循環經濟和資源綜合利用；推動企業開展自願清潔生產；承擔全市能源供應保障和開發利用的協調工作；指導新能源和可再生能源的開發和利用；依法實施電力、煤炭、成品油行業管理；指導市節能監察中心的工作。
(13)工業和園區發展科。
引導和促進工業園區合理布局、產業進入園區和產業集群發展；綜合協調推進產業轉移，承擔市推進產業轉移和勞動力轉移領導小組日常工作；對原材料、設備、消費品、民用爆炸物品制造等工業行業實施管理；承擔與執行《化學武器公約》有關的協調工作；承擔國防科技裝備的綜合協調、管理和動員工作。
(十四)中小企業和民營經濟服務業。
貫徹執行中小企業和民營經濟發展的法律、法規和方針政策，掌握本市中小企業和民營經濟發展動態，研究提出相關政策措施；指導全市中小企業社會化服務體系(公共服務平臺)和信用擔保體系建設；促進中小企業融資；負責相關專項資金的落實；負責民營科技工作和中小企業科技金融工作；指導中小企業服務中心的工作。
(十五)生產服務司。
組織制定會展、物流、信息服務、技術服務、商務服務等生產性服務業的政策和發展規劃，並組織實施；承擔物流行業管理工作；促進服務業和制造業融合發展；推進生產性服務業功能區、服務機構和公共服務平臺建設。
(16)市場體系建設板塊。
制定完善和規範市場體系的政策；擬訂商品交易市場規劃並指導城市商業網點規劃和商業體系建設，推進農貿市場升級改造；承擔規範市場經濟秩序的相關工作；培育和發展城鄉市場，推進農村市場和農產品交易體系建設；監測分析商品市場運行情況，進行預測預警和信息引導；建立健全生活必需品市場供應應急管理機制；負責壹些重要消費品儲備(肉、糖等)的管理和市場調節。).
(十七)商業流通處(市酒類專賣管理辦公室)。
擬訂流通服務業行業發展規劃，組織推進流通行業產業結構調整和流通體制改革；管理商業服務業(包括批發、零售、餐飲等。);開展連鎖經營等現代流通方式；指導和管理再生資源回收，依法監督管理拍賣、典當、汽車流通和舊貨流通行業；承擔酒類流通和生豬屠宰行業管理的相關工作；承擔鹽業管理工作。
(十八)經濟和技術合作科。
指導和幫助本市企業開拓國內外市場；研究制定對外經濟技術合作與交流的政策措施；負責國家和省級科技管理部門的國際科技合作項目和“國際科技合作基地”的申報和管理；負責通過科技促進貿易；協助各國政府和有關國際組織之間的科技合作工作；依法審核或上報市級企業為外商投資開辦的企業(金融企業除外)；負責技術進出口和軟件出口的登記工作；負責協調管理國(境)外各類經營機構，指導開拓海外市場，規範經營秩序；依法管理和監督對外承包工程、對外勞務合作和對外援助，負責境外勞務人員和境外從業人員的權益保護；承擔境外就業管理職責；負責協調和管理全國各地、中央部門和企業在珠海設立的辦事機構。
(十九)外貿發展科。
推動出口市場多元化戰略的實施；管理國內對外商品交易會和展覽會，舉辦國外商品交易會和研討會；承辦進出口企業經營資格和國際貨運代理資格的備案；依法審查申請進出口限制類商品的企業資格；組織實施重要工業品、原材料和重要農產品(糧食、棉花除外)的進出口計劃，以及進出口商品配額、關稅配額計劃；根據授權辦理進出口許可證事宜；協調對臺貿易和港澳配額商品供應；負責協調和實施出口退稅、外匯核銷和出口信貸；負責外貿出口專項資金的管理和實施；指導和管理珠海進出口商會的工作。
(20)加工貿易科。
貫徹國家和省頒布的加工貿易政策、法規和實施意見，審批市屬加工貿易業務；對全市加工貿易進行宏觀管理和指導，編制並組織實施我市外商投資企業涉及國家配額許可證管理商品的年度進出口計劃；指導和組織實施加工貿易企業擴大內銷、延伸產業鏈的各項計劃，促進我市加工貿易轉型升級；協調全市各海關特殊監管區域的協調發展，協調解決各海關特殊監管區域發展中的重大問題。
(二十壹)公平貿易處(市機電產品進出口辦公室)。
管理和實施國家頒布的機電產品進口目錄，簽發機電產品自動進口許可證；負責機電產品國際招標的監督和協調，授權許可事項和相關申報事項的審核；承擔促進機電產品國際市場開發的相關工作；辦理對外貿易經營者登記手續；起草公平貿易的地方性法規草案；會同有關部門處理涉外知識產權和貿易糾紛；負責反傾銷、反補貼、保障措施和產業損害調查等與進出口公平貿易相關的工作；應對國外技術性貿易壁壘指南；負責公平貿易專項資金的管理和實施；負責信用信息系統建設；負責CEPA相關政策的宣傳、實施和檢查，負責與CEPA上級主管部門和港澳相關機構的溝通對接。
(22)外國投資管理科。
擬訂外商投資發展規劃，制定外商投資政策和管理規定；依法在授權範圍內審批和上報外商投資項目的設立、合同章程及其變更；在授權範圍內簽發外商投資企業、港澳臺商投資企業批準證書和鼓勵類外商投資項目確認書，負責外商投資企業的後續管理和服務；依法監督檢查外商投資企業執行法律、法規、合同和章程的情況，協調解決有關爭議和投訴；擬訂並組織實施服務外包發展規劃、政策和企業認定；協調和指導全市外商投資項目的審批工作；指導珠海外商投資企業協會的工作。
(23)信息推廣科。
組織編制和實施電子信息產業規劃；引導電子信息制造業、軟件和信息服務業發展；貫徹執行國家和省有關電子信息產品和信息服務的技術規範和標準；推進軟件產業公共服務體系建設；推進社會各領域信息化建設；推進電子政務建設；協調信息安全保障體系建設；負責組織實施電子信息技術領域的各類項目；指導軟件企業認定和軟件產品登記工作；指導市信息辦的工作；承擔市信息化領導小組的日常工作。
(24)無線電管理科。
擬訂無線電管理基礎設施建設規劃和計劃並組織實施；負責城市無線電頻率的指配；依法管理無線電臺(站)和站點資源；核發和驗證無線電臺(站)許可證；管理無線電發射設備的開發、生產、進口和銷售；組織無線電監測和測試；協調處理國內外無線電電磁幹擾；負責珠港澳邊境地區的無線電頻率協調工作；依法組織實施無線電管制；確保重大活動無線電服務的安全；依法實施無線電行政執法和監督檢查；負責無線電頻率資源占用費的征收和中央財政轉移支付資金的使用和監督；指導市無線電監測站的工作；承擔市無線電管理辦公室的日常工作。
(25)地震部門。
貫徹國家和省有關防震減災的方針、政策、法規和規章，制定有關地方性法規和規章並監督實施；組織制定我市防震減災中長期發展規劃和年度工作計劃並組織實施；管理全市地震監測預報工作；管理全市地震烈度區劃和震害預測；管理全市地震動參數和烈度表示的抗震設防工作，指導和監督全市重大工程和重要設施的抗震設防工作；指導全市各區防震減災工作。
(二十六)人事監督司。
負責紀檢、監察、審計和精神文明建設工作；負責機關及直屬單位的黨群、人事管理、教育培訓、安全保衛等工作；負責機關及直屬單位退休人員的管理和服務工作；負責承擔企業管理人才隊伍建設相關工作，協調實施企業管理人才隊伍建設規劃，提出加強人才隊伍建設的意見和建議。
(二十七)新經濟組織工作委員會辦公室。
負責全市新經濟組織黨建工作的協調和指導；負責組織制定全市新經濟組織黨建工作的發展規劃、工作計劃和相關措施；負責全市新經濟組織黨建工作相關數據的統計、匯總和上報；負責直屬黨組織範圍內黨組織的建立、黨的領導人的任免、獎懲的承辦、黨員的發展和批準、組織關系的轉移等黨務工作；負責指導、協調、督促市級黨建指導員在各級黨組織開展黨建工作；負責中央黨建領導小組秘書組珠海新經濟組織黨建聯系點工作；負責調查了解全市新經濟組織執行黨的方針政策的情況，及時發現新情況、新問題，總結新經驗，提出意見和建議，供決策參考；負責編輯《黨建新領域》(工作簡報，珠海新經濟組織黨建聯系點)，匯編新經濟組織黨建信息；負責新經濟組織工作委員會機關的日常行政事務。