資產階級登上歷史舞臺後，提出了政教分離的口號，對宗教信仰自由的要求也隨之產生。法國1789《人權與公民權宣言》規定:“任何人不得因其見解而受到幹涉，即使是宗教見解。”1791 2008年生效的美國憲法修正案第1條規定，國會不得制定確立宗教或禁止信仰自由的法律，這排除了國家可能利用政治權力確立國教並強迫公民信仰的可能性。後來，政教分離和宗教信仰自由的原則得到了大多數國家的普遍承認。中華人民共和國歷屆憲法都規定公民有宗教信仰自由。1982憲法更明確規定，任何國家機關、社會團體和個人不得強制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教或者不信仰宗教的公民。國家保護公民不從事正常的宗教活動；同時，禁止任何人利用宗教從事破壞社會秩序、損害公民健康或者妨礙國家教育制度的活動；中國基督教徒的宗教活動和事務不受外國勢力的支配，與外國宗教組織和團體沒有組織上的隸屬關系。
今天，我們尊重每個人不同的傳統和文化背景；充分肯定人們自由選擇的意願。但宗教不應該被稱為政府或任何政黨使用的武器。宗教涉及到對人類靈魂更深層次的探索，超越了科學和哲學的領域，並不是非理性的。是超越理性的人的更高層次的追求，反過來引導理性；許多偉大的科學家和哲學家有不同的宗教信仰；因為人類對永恒的探索和追求是壹致的，這些領域是科學和哲學無法企及的；因為科學和哲學都在理性的範圍之內。
不同的宗教有不同的教義和觀點，不同的宗教有不同的儀式和習慣，但真理只能有壹個，而且是永恒的；壹加壹不能同時等於二和三。正是因為每個宗教都認為自己的教義是對的，宗教之間的沖突也正是因為觀點和意見的不同；在這種情況下，宗教信仰不是真正的自由，相反，它帶來了野蠻和殺戮。其實，宗教之間應該互相尊重，互相包容，只有了解真理，才能在真理中獲得真正的自由；因為人的選擇是主觀的，我們自己選擇的不壹定是永恒的真理；真理本身超越所有宗教。讓我們抱著這種態度在真理的層面上來談和討論，也許能獲得壹定的自由度。
但是真理不在我們裏面，我們所知道的壹切都是外界輸入的。我們認為的真理只是我們主觀認為的，因為我們不是真理，我們頭腦中的東西往往與事實相反；去哪裏尋找真相？其實各種宗教都有不同的內涵和理論。世界三大宗教之所以偉大，是因為它們的理論體系涵蓋的範圍比其他宗教都多。佛教認為，真理需要人對自然啟示的頓悟，信仰的核心是人本身。佛教是無神論的宗教。小乘佛教也遵守早期釋迦牟尼的教義，修行而不拜。中國的大乘佛教大部分都很流行，既有崇拜，也有修行。伊斯蘭教的觀點是服從和信仰真主，宇宙和他的意誌的唯壹主人，以尋求兩個世界的和平與安寧；但伊斯蘭教和猶太教只信舊約，不承認基督是道成肉身。基督教認為，新約和舊約是壹致的，上帝是聖父、聖子、聖靈三位壹體的，真理的本體、生命的源泉、上帝的第二人格在人類歷史中得到了化身，成為人的樣式的耶穌基督作為壹個無辜的人被釘在十字架上，三天後復活，40天後向門徒顯現，回到父那裏。所以基督的愛向我們啟示，死後有審判，信耶穌是基督的人有永生。這就是基督教和其他宗教的區別，就是有救贖，有審判，有復活，有永生，有不信者的第二次死亡。
從上面可以看出，宗教之間是有統壹性和超越性的，我們每個人都應該有壹顆包容的心，在不了解他人信仰的情況下，不要妄加評論；宗教信仰雖然超越了科學、哲學、政治，但作為人類的職責，不應該超越甚至輕視上述三個領域，這是不正確信仰的表現。我們的靈魂在它上面，但我們的肉體在它下面。中國自古就信奉天賦人權，我們無權幹涉，只能去爭取。
以真相為終極目標，互相包容；在政治條件下，促進和諧，不以主觀意誌和血緣為信仰起點，才是真正的信仰自由。
在中國，宗教信仰自由壹直是受憲法和法律保護的壹項重要權利，但公民在行使宗教信仰自由時應遵循三個原則，即合法性原則、宗教與國家教育制度相分離原則和獨立自主辦教原則。