(壹)啟動應急預案
突發事件發生後，衛生行政部門應當組織專家對突發事件進行綜合評估，初步判斷突發事件的類型，提出是否啟動應急預案的建議。
國家應急預案在全國範圍內或者跨省、自治區、直轄市啟動，由國務院衛生行政部門報國務院批準後實施。省、自治區、直轄市人民政府決定啟動突發事件應急預案，並向國務院報告。
(二)監督和指導應急處理工作。
國家應急響應指揮部對應急響應工作進行監督和指導，地方各級人民政府及其有關部門應當予以配合。省、自治區、直轄市應急響應指揮部對本行政區域內的應急響應工作進行監督和指導。省級以上人民政府衛生行政部門或者其他有關部門指定的專業技術機構負責突發事件的技術調查、確認、處置、控制和評估。
(3)應急處理措施
1.專業技術機構的工作省級以上人民政府衛生行政部門或者其他有關部門指定的專業技術機構，負責突發公共衛生事件的技術調查、確認、處置、控制和評估。
2.突發公共衛生事件發生後，國務院有關部門和縣級以上地方人民政府及其有關部門應當保障突發公共衛生事件應急處理所需的醫療救援設備、救治藥品、醫療器械等物資的生產和供應；鐵路、交通、民航管理部門應當保證及時交付。
3.醫療衛生機構的工作醫療衛生機構應當對因突發公共衛生事件患病的人員提供醫療救護和現場救援，並按照規定將患者及其病歷資料轉送收治或者指定的醫療機構。
4.指揮部可以采取的控制措施突發公共衛生事件應急處理指揮部有權緊急調動人員、儲備物資、車輛和相關設施設備。必要時，疏散或者隔離人群，並可以依法封鎖傳染病疫區。
5.公安部門在突發公共衛生事件工作中需要接受隔離治療、醫學觀察措施的病人、疑似病人和傳染病病人的密切接觸者，衛生行政部門或者有關機構采取醫學措施時應當予以配合；拒不配合的，公安機關應當依法協助強制執行。
法律依據
突發公共衛生事件應急條例總則(2011修訂)。
第壹條為了有效預防、及時控制和消除突發公共衛生事件的危害，保障公眾健康和生命安全，維護正常的社會秩序，制定本條例。
第二條本條例所稱突發公共衛生事件(以下簡稱突發事件)，是指突發的重大傳染病、群體性不明原因疾病、重大食物和職業中毒以及其他嚴重影響公眾健康的事件。
第三條突發事件發生後，國務院成立國家突發事件應對指揮部，由國務院有關部門和軍隊組成，由國務院主管領導擔任總指揮，負責國家突發事件應對的統壹領導和統壹指揮。
國務院衛生行政部門和其他有關部門應當在各自的職責範圍內，做好突發事件應對工作。
第四條突發事件發生後，省、自治區、直轄市人民政府應當成立地方突發事件應急指揮部，由省、自治區、直轄市人民政府主要領導擔任總指揮，負責領導和指揮本行政區域內的突發事件應急工作。
縣級以上地方人民政府衛生行政部門負責組織突發事件的調查、控制和醫療救治。
縣級以上地方人民政府有關部門應當在各自的職責範圍內，做好突發事件的應對工作。
第五條突發事件應急工作應當遵循預防為主、常備不懈的原則，實行統壹領導、分級負責、反應及時、措施果斷、依靠科學、加強合作的原則。
第六條縣級以上人民政府應當組織突發事件預防與控制的科學研究，建立突發事件流行病學調查、傳染源隔離、現場處置、監督檢查、監測檢驗、衛生防護等相關物資、設備、設施、技術和人力資源儲備，所需經費列入本級財政預算。
國家為邊遠貧困地區的應急工作提供資金支持。
第七條國家鼓勵和支持突發事件監測、預警和應對技術的國際交流與合作。
第八條國務院有關部門和縣級以上地方人民政府及其有關部門應當建立嚴格的突發事件預防和應急處理責任制，切實履行各自職責，保障應急處理工作正常進行。
第九條縣級以上人民政府及其衛生行政部門應當對參加突發事件應急處理的醫療衛生人員給予適當補助和保健津貼；對在應急響應中做出貢獻的人員給予表彰和獎勵；對因參加突發事件處置而患病、致殘、死亡的人員，按照國家有關規定給予相應的補助和撫恤。