市交通行政主管部門是本市城市軌道交通運營的主管部門，對城市軌道交通實施運營監督管理。
市應急、發展改革、公安、民政、財政、環保、住建、衛生規劃、質監、安監、規劃、城管和消防等有關部門應當按照各自職責，協同做好城市軌道交通運營的監督管理工作。
城市軌道交通沿線鎮人民政府(街道辦事處、園區管委會)應當配合有關部門，及時協助做好本轄區內城市軌道交通設施設備保護、應急救援、綜合開發保障和公共安全文明宣傳教育等工作。
電力、供水、排水、供氣、通信等相關單位應當優先保障城市軌道交通的正常建設和運營。第五條城市軌道交通運營單位應當承擔城市軌道交通運營管理的主體責任，提供安全、有序、高效的運營服務。
城市軌道交通運營單位應當制止危害城市軌道交通運營安全、妨礙運營服務或者擾亂運營秩序的行為，並協助有關部門依法處理。第六條任何組織和個人應當遵守城市軌道交通的運營安全、服務管理規範和乘客守則，不得危害運營安全、擾亂運營秩序、損壞城市軌道交通設施設備。第二章運營基本條件第七條城市軌道交通的運營單位由市人民政府依法確定。
對實行特許經營的城市軌道交通項目，市人民政府應當通過與特許經營單位簽訂特許經營協議，明確雙方的權利和義務。第八條城市軌道交通工程的規劃和建設應當考慮安全運營的需要，預留換乘和疏散空間。第九條城市軌道交通工程竣工後，城市軌道交通建設單位應當組織工程驗收。驗收合格，並符合試運營條件的，城市軌道交通建設單位應當會同城市軌道交通運營單位組織試運營。第十條試運營結束後，城市軌道交通項目試運營基本條件應當按照國家和省的有關規定進行審查。審查通過的，經市人民政府批準後投入試運行。
試運行期間，城市軌道交通運營單位應當按照有關規定向市交通行政主管部門提交試運行情況。第十壹條試運行結束後，城市軌道交通運營單位應當向市發展改革行政主管部門申請工程竣工驗收。市發展改革行政主管部門按程序申報後，應當會同有關部門按照國家有關規定組織項目竣工驗收。
城市軌道交通運營單位應當在正式投入運營後20個工作日內，按照有關規定向市交通行政主管部門提交正式運營情況。第三章保護區管理和設施設備維護第十二條本市設立城市軌道交通控制保護區和特別保護區，保障城市軌道交通安全運營。
控制儲備的範圍如下:
(壹)地下車站和隧道結構外圍五十米以內；
(2)地面車站和地面線路、高架車站和高架線路結構外緣30米以內；
(三)出入口、通風亭、冷卻塔、主變電站、直升機等建築物、構築物和車輛基地外十米範圍內的用地；
(四)城市軌道交通過江隧道結構外圍壹百米以內。
前款範圍內建立特別保護區，具體範圍如下:
(壹)地下車站和隧道結構外緣五米範圍內；
(二)地面車站和地面線路、高架車站和高架線路建築物外側三米範圍內；
(三)出入口、通風亭、冷卻塔、主變電站、直升機等建築物、構築物外側和車輛基地用地外側五米以內；
(四)城市軌道交通跨河、越江隧道結構線外側50米。
因地質條件或者其他特殊情況，需要調整軌道交通控制保護區範圍的，由城市軌道交通建設單位提出，經市規劃、住建等有關部門審核後，報市人民政府確定。第十三條在城市軌道交通控制保護區內進行下列行為，有關行政管理部門依據法律法規進行行政許可時，應當書面征求城市軌道交通建設單位的意見。
(壹)新建、改建、擴建或拆除建(構)築物；
(2)開挖、爆破、地基加固和打井；
(三)鋪設或者架設管線、吊裝等高空作業；
(四)取土、采石、挖沙、疏浚河道；
(五)在城市軌道交通越江隧道控制保護區水域拋錨或者拖錨；
(六)其他可能影響運營安全的作業。
前款所列活動不需要行政主管部門行政許可的，有關組織或者個人應當在施工前書面告知城市軌道交通建設單位。