為有效防止傳染性非典型肺炎醫療廢物引起的疾病傳播和流行，根據《醫療廢物處理條例》和《醫療衛生機構醫療廢物管理辦法》，傳染性非典型肺炎醫療廢物管理遵循以下原則:
壹、醫院應根據本單位實際情況制定醫療廢物管理制度，內容應包括SARS病房和發熱門診醫療廢物管理的工作制度和流程。
二、醫療廢物應分類收集，並置於防滲、防漏、防銳器的專用包裝或密閉容器中。醫療廢物專用包裝和容器應有明顯的中英文警示標誌。醫療廢物的收集點應設在病房的汙染端，有利於廢物的收集。
三、破損的醫療廢物應直接裝入防穿刺、防漏的容器中，運往國外時必須嚴格密封，外裹黃色醫療廢物塑料袋。其他醫療廢物，包括患者生活垃圾，直接裝入雙層黃色塑料袋，袋口層層密封。不要使用影響密封性能的儀器或方法進行密封。
四、醫療廢物收集容器應符合相關部門的要求，所有廢物的容量不應超過容器或包裝袋的3/4。禁止使用損壞或汙染的收集容器。
五、醫療廢物應每日由專用運輸工具，按照規定的時間、路線，及時清運，就近轉移至醫院傳染性非典型肺炎廢物專用臨時貯存場所，定期由轄區醫療廢物集中處置單位進行轉運和焚燒。在沒有集中處置的城市或者地區，醫院應當按照當地衛生行政部門的規定進行處置。運輸工具、臨時儲存場所等。應及時清洗，以防汙染，用1000mg/L含氯消毒劑或0.2%過氧乙酸消毒。
六、醫院應建立醫療廢物臨時存放場所，醫療廢物不得露天存放。醫療廢物暫時貯存應遠離醫療區、食品加工區和人員活動區，有明顯的警示標誌，有防滲漏、防蚊、防鼠措施等安全措施。並應定期消毒和清潔。
七、病原體培養物、細菌病毒種子保存液等高危廢物應在本單位滅菌消毒後再作為醫療廢物處理。
八、醫療廢物收集和運送的衛生工作人員應當相對固定，並經過醫療廢物處理流程、醫院感染控制、自我防護、事故處理等知識培訓。衛生工作者應嚴格按照病房防護要求做好防護工作。
九、醫療廢物的運送必須做好記錄，並認真記錄，包括種類、數量、運送時間、集中處置單位和經辦人簽名。註冊材料至少保存兩年。
十、醫院產生的汙水在排入汙水處理系統前，應按國家有關規定進行嚴格消毒。
法律依據:《中華人民共和國醫療衛生機構醫療廢物管理辦法》
第四條醫療衛生機構應當建立健全醫療廢物管理責任制，其法定代表人或者主要負責人為第壹責任人，切實履行職責，確保醫療廢物的安全管理。
第五條醫療衛生機構應當按照國家有關法律、行政法規、部門規章和規範性文件的規定，制定並落實醫療廢物管理的規章制度、工作流程和要求、相關人員的崗位職責以及醫療衛生機構醫療廢物流失、泄漏、擴散和事故的應急預案。內容包括:
(壹)醫療衛生機構醫療廢物產生場所醫療廢物分類收集的方法和工作要求；
(二)醫療衛生機構醫療廢物產生場所和暫時貯存場所的工作制度，以及將醫療廢物從產生場所運送到暫時貯存場所的工作要求；
(3)醫療衛生機構內醫療廢物的運送和登記以及醫療廢物運送到醫療廢物處置單位的規定；
(四)醫療廢物管理過程中的特殊操作規程以及醫療廢物流失、泄漏、擴散和事故的應急處理措施；
(五)醫療廢物分類收集、運送和暫時貯存過程中相關工作人員的職業健康安全防護。