1.謙虛原則
刑法作為刑事制裁最嚴厲的法律，只能懲罰具有嚴重社會危害性的行為，不允許隨意使用其制裁手段。因此，有學者提出，首先要考慮民事、行政等法律手段是否足以懲罰和預防某些危害社會的行為。如果可能的話，刑法不要涉及太多。如果不足以達到治理效果，就要考慮刑法。其中，日本學者大谷教授從刑法的互補性、不完全性和寬容性三個方面闡述了謙抑性。因此，刑法有必要介入。考慮到刑法是不得已而為之，我們應該對懲罰采取謹慎的態度。NPC法工委刑法室在解釋非法經營罪的兜底條款時明確表示，“這是針對現實生活中非法經營行為的復雜性、多樣性而作出的壹般規定，這裏所說的其他非法經營行為應當符合以下條件:第壹，這種行為發生在經營活動中，主要發生在生產、流通領域。第二，這種行為違反了法律法規的規定。三是社會危害性大，嚴重擾亂市場經濟秩序。”可以看出，立法者也在強調，包含兜底條款的行為必須以違反法律法規為前提。由於沒有相關法律法規將非法收購種子、民間高利貸等行為界定為犯罪行為，司法實踐中無法創設法律認定非法經營罪。非法經營罪底線條款的適用應當有法可依。
在我國整個法律體系中，刑法是最嚴厲的法律，所以它在法律體系中的地位是維護法律的地位，是保證其他法律實施的最後力量。鑒於非法經營罪的模糊性，在司法實踐中擴大適用，特別是運用刑法處理民間高利貸、非法收購玉米種子、超越經營範圍的行政違法等社會危害性不大的行為，違背了謙抑性原則；因此，在司法實踐中，在運用非法經營罪的兜底條款時，應當明確謙抑性原則:壹是從社會危害的嚴重程度上區分行政違法行為與犯罪，作為犯罪嚴格控制。其次，明確非法經營罪與其他犯罪的構成。非法經營罪有其自身的特點，所以在其他明確的罪名可以定罪量刑時，盡量避免使用非法經營罪。最後，當非法經營罪前三條規定不能涵蓋該行為時，應考慮非法經營罪第四條規定。
2.主客體統壹原則。
主客觀相統壹原則源於蘇俄的犯罪構成理論，不僅在價值論上要求主客觀相統壹，而且在方法論上是客觀主義和主觀主義的妥協。也就是說，認定行為人是否犯非法經營罪，不僅要求行為人實施了法律規定的行為，而且要求行為人在實施這些行為時具有非法經營的目的。在司法實踐中，適用第四條規定時，應嚴格遵循主客體相統壹的原則。壹方面，對於沒有明確規定主觀方面的行為，不能因為法律和司法解釋不明確而忽視主觀目的的認定。例如，在預售墓地的行為中，如果行為人在辦理相關許可文件的過程中，按照行業內的通常做法，發布廣告並提前出售墓地，如果行為人在實施非法經營墓地的行為時不具有非法經營的目的，那麽就不能依據第四條規定認定行為人構成非法經營罪。另壹方面，相關司法解釋中明確規定有主觀內容的，應當根據案件情況進行區分。如2013《關於進壹步加強麻黃草管理嚴厲打擊非法買賣麻黃草的通知》規定:“以制造毒品或者走私、非法買賣毒品為目的，違反國家規定采挖、出售、收購麻黃草，沒有證據證明依照刑法第二百二十五條的規定構成犯罪的，以非法經營罪定罪處罰。”也就是說，在行為人企圖制造或者非法買賣有毒物質的主觀條件下，即使實施了非法經營行為，也不能以非法經營罪論處。
(二)認真認定為“違反國家規定”
梳理現有關於非法經營罪的文獻，學者們對“非法經營國家規定”的範圍有以下看法:壹是“違反全國人大及其常委會制定的法律、決定和國務院制定的行政法規”。認定主張嚴格限制，制定主體僅限於NPC人大代表和常委、國務院。其次，對“國務院發布的行政法規、規定的行政措施、決定、命令”的認定存在不同理解:(1)國務院授權的部門規章和民商法被排除在“國家規定”的範圍之外，“國家規定”中沒有對刑事責任條款的絕對要求。(2)雖然政策文件的主體是國務院，但也應排除在外，要求“國家規定”必須包括違反經濟法規的附屬刑法。(3)不包括國務院的部門規章、地方性法規和行業規章，但在司法適用不違反刑法第九十六條意圖的前提下，可以參照國務院分批制定、批準、核準、通知的部委或者中職部門的規定認定犯罪。(4)國務院各部委制定的、經國務院批準並以各部委名義發布的規章，以及單位內部規章，不屬於“國家規章”的範圍。(5)發文主體壹般應限定在國務院。在特殊情況下，經國務院批準，壹些部門規章、聯合發布的文件和其他國務院行政措施也可以作為國家法規執行。部門規章不屬於“國家規章”的範疇，刑事處罰也不必存在。(6)國務院各部委制定的規章，經濟特區所在地的省、市人大及其常委會通過授權立法制定的地方性法規，國務院批準的下屬部門規章，不屬於“國家規章”。觀點(1)(3)(5)還忽略了法律的整合，將全國人大及其常委會制定的民商法排除在外，將國務院在二次授權下制定的規範稱為“國家法規”。(1)(5)要求不壹定包括刑事處罰，從目的解釋角度理解“國家規定”不成立。在行政法規壹般規定刑事處罰的情況下，沒有這種規定，說明立法者認為行政制裁足以達到治理的目的，沒有必要使用最嚴厲的刑罰。因此，在理解“國家規定”時，需要考慮刑事處罰的存在。