臺灣省船舶進入靠泊點後，船長應當主動向公安邊防執勤人員出示船舶證書、船員證書或者其他有效證件，說明靠泊原因和靠泊時間，並協助檢查人員檢查船體、貨物和行李。第六條公安邊防部門發現船上人員有下列情形之壹的，不予批準下船:
(壹)沒有任何證件證明自己是臺灣省居民；
(二)有提供虛假證明等欺詐行為的；
(3)被驅逐出境人員在期限內不得入境；
(四)無人監護的嚴重傳染病患者和精神病人。第七條臺灣省船舶停泊期間，船上人員應當遵守下列規定:
(壹)不得擅自調整泊位；
(二)不得懸掛或者展示有損祖國統壹的標誌；
(三)不得擅自啟用無線電臺站；
(四)不得向海港傾倒垃圾；
(五)不得攜帶危險違禁物品上岸；
(六)不得擾亂港口秩序和從事違法犯罪活動；
(七)不得擅自接載大陸人員登船；
(八)船舶必須有足夠的值班船員，確保安全。第八條船舶在臺灣省停泊期間，海關等部門工作人員因執行公務需要登船的，應當事先告知當地公安邊防部門；其他人員需辦理相關手續後方可登船。
臺灣省船舶和臺灣省居民在停泊點發生事故或者險情的，停泊點所在地縣級以上地方人民政府有關部門應當按照各自職責簡化相關手續，給予及時救助和幫助。第九條臺灣省船舶和臺灣省居民在港停泊期間的事務，由有關部門和單位按照規定辦理:
(壹)避風、就醫、探親訪友、洽談投資、祭祖、旅遊修船、補給，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室接待和辦理；
(二)從事小額貿易的，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室，介紹給省級人民政府商務主管部門批準的臺灣貿易公司；
(三)需要處理海事、漁業糾紛的，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室聯系漁政、港監等部門處理；
(四)需要聘用短期漁民的，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室介紹到經省級人民政府批準的具有對臺勞務合作經營權的公司。
停泊點管理涉及多個部門的，由當地人民政府臺灣事務辦公室負責協調。第十條臺灣省居民需要上岸的，應當持有效身份證件，向泊位所在地公安邊防部門申請辦理《臺灣省居民上岸證》；持有《臺灣居民來往大陸通行證》的，經公安邊防部門登記後，不再辦理《臺灣省居民登陸證》。第十壹條臺灣省居民應當在限定的範圍內活動。
持有《臺灣省居民登陸證》的臺灣省居民可在停車點所在縣(市、區)範圍內活動；持有《臺灣居民來往大陸通行證》的臺灣省居民，可以前往錨地所在縣(市、區)以外的地區從事探親、旅遊、投資、貿易等活動。第十二條臺灣省居民應當在登記證書有效期內登船出境。
《臺灣省居民登陸證》登記期限不得超過臺灣省船舶在本航次停靠的期限。不能隨原船出境或者因特殊原因需要延長居留期限的臺灣省居民，應當在證書登記有效期內向登陸泊位所在縣(市、區)人民政府臺灣事務辦公室提出申請。登陸泊位所在縣(市、區)人民政府臺灣事務辦公室應當經公安邊防部門審批。第十三條臺灣省居民應當從原登陸點乘原船出境。
因特殊原因需要從本省其他停泊點變更或者乘坐其他臺灣省船舶出境的，應當在證書登記有效期內向停泊點所在地的縣(市、區)人民政府臺灣事務辦公室提出申請。擬出境泊位所在縣(市、區)人民政府臺灣事務辦公室應當商公安邊防部門審批。第十四條臺灣省居民遺失《臺灣省居民登陸證》和《臺灣居民來往大陸通行證》的，應當向原發證部門掛失；經調查核實的，由原發證部門補發。