(1)辦公室。
制定全省司法行政發展規劃和年度計劃並監督實施；負責全省司法行政系統工作的調研和綜合；負責重大政府活動的協調和監督；負責起草和審核綜合文件和報告；負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；負責信息、保密、統計、信訪工作；負責監獄和勞動教養工作的綜合協調，指導全省司法行政通信信息技術網絡建設；組織新聞發布工作；負責NPC提案和CPPCC提案的辦理；負責外交事務。
(2)法制宣傳部門。
制定全省法制宣傳工作計劃，組織實施對公民的法律知識教育；指導和檢查依法治理工作；負責全省依法行政領導小組辦公室的日常工作；負責司法行政系統的對外宣傳。
(三)律師公證工作管理辦公室。
制定全省律師、公證員工作規劃和年度計劃並組織實施；指導和監督機關、團體、企業、事業單位的法律顧問工作；制定企業法律顧問培訓計劃並組織實施；綜合管理社會法律服務機構；按照有關規定和程序，負責全省律師事務所的設立審批、變更登記和註銷；負責全省律師執業許可證和律師執業證書的審核、頒發和註銷；監督和指導律師、律師事務所和律師協會；依照法律規定和程序審批公證機構的設立；負責申請批準聘任公證員、頒發公證員執業證書和提請解聘公證員；監督和指導公證員、公證員和公證員協會。
(四)法律援助管理辦公室。
貫徹執行國家有關法律、法規和政策，指導、監督和管理全省法律援助工作的開展；制定全省法律援助工作的法律、法規和規範性文件，管理和指導群眾性法律援助工作；負責中央和省級法律援助專項資金的管理、監督和使用，開展社會法律援助資金的籌集工作；承擔法院二審死刑案件辯護律師指派工作，指導協調全省重大法律援助案件的辦理；負責全省法律援助機構和辦案人員的年檢註冊、業務培訓、表彰和處罰；受理和審查法律援助申請人提出的異議；負責全省法律援助數據的統計分析和理論研究，組織法律援助的社會宣傳；開展法律援助的對外交流與合作。
(5)基層工作辦公室(甘肅省刑滿釋放人員安置教育工作領導小組辦公室)。
指導和監督基層司法所、司法助理、人民調解、基層法律服務和社區矯正工作；指導和監督刑滿釋放人員和解除勞動教養人員的安置工作；參與社會治安綜合治理。
(6)司法鑒定管理辦公室(甘肅省司法鑒定工作委員會辦公室)。
制定全省司法鑒定發展規劃並組織實施；貫徹執行國家司法鑒定規章制度；負責全省司法鑒定機構和司法鑒定人的登記管理；負責面向社會的司法鑒定機構的資質管理、質量管理、信用評價和專業教育培訓；監督檢查司法鑒定機構和司法鑒定人的執業情況；組織法醫科學技術的開發、推廣和應用；指導和監督司法鑒定行業協會及其專業委員會依法開展工作。
(7)法律事務部。
組織制定和實施全省司法行政法規、規章和政策；參與相關立法工作；負責本系統規範性文件的審查和備案；指導和監督監獄刑罰執行、罪犯改造和勞動教養工作；監督檢查全省司法行政系統執行和遵守法律、法規的情況，負責本系統的行政處罰、行政復議和行政訴訟；負責仲裁機構的登記管理；組織法學理論研究。
(8)財務裝備部。
制定全省司法行政系統專項經費和裝備年度計劃並組織實施；指導和監督司法行政系統業務經費和預算外資金的管理和使用；管理司法行政系統的槍支、彈藥、服裝、警車等物資裝備；管理和監督司法行政系統的國債建設項目；負責機關及直屬單位辦公用房的國有資產、物業管理、後勤保障和接待工作。
政治部(含人事部、警察培訓部、組織宣傳部)。
負責全省司法行政機關及直屬單位的機構編制和人事管理；負責省級監獄、勞教機關副處級以上幹部的考核和任免；負責因公出國的審批；負責指導司法行政系統老幹部工作；負責考察協管幹部，提出任免和交流意見。負責全省司法行政系統人民警察的警務管理，配合警務督察工作；負責指導全省司法行政系統幹部培訓工作；擬定幹部培訓計劃並組織實施。負責全省司法行政系統黨組織和黨員隊伍建設；指導司法行政系統的隊伍建設和思想政治工作；指導和管理司法行政系統創新模式的宣傳、表彰和立功活動；指導直屬單位的共青團和婦女工作。
機關黨委負責本部門、機關和直屬單位的黨群工作。
紀檢監察機構按照有關規定設置。