1.與公司、合夥企業相比，個人獨資企業壹般規模較小，設立條件更寬松，設立程序更簡單，進入或退出市場更靈活；但其公開性(主要指財務公開程度)不如公司和合夥企業，投資者的經營風險大於公司和合夥企業。
2.法律地位不同。合夥企業和個人獨資企業是非法人，公司是法人。
3.不同的組織方式。個人獨資企業由壹個自然人設立，合夥企業由兩個以上合夥人設立，合夥人壹般為自然人。公司壹般由兩個或兩個以上的投資者設立，投資者可以是自然人，也可以是法人。
4、投資者和企業(公司)有不同的產權關系和不同的責任形式。個人獨資企業投資者的個人財產不與企業財產分離，投資者以其個人財產對企業債務承擔無限責任。
5.內部事務管理結構不同。公司設股東會、董事會和監事會，依照法定權限和公司章程管理公司事務。
合夥企業的合夥人應當依照合夥企業法的規定和合夥協議管理合夥事務。合夥人執行合夥事務的權利平等。全體合夥人可以執行合夥企業事務，也可以按照合夥協議的約定或者全體合夥人的決定，委托壹名或者數名合夥人執行合夥企業事務。
數據擴展
現代企業組織形式
國際上通常分為:獨資、合夥和公司制企業。
獨資
獨資企業，在西方也稱為“單壹業主制”。它是有人創立的，它有很大的自由度。只要不違法，想怎麽經營就怎麽經營，雇多少人，借多少貸款，都是業主自己說了算。掙錢，納稅，服從業主分配；丟了錢，欠了債，全靠所有者的資產來補償。國內很多個體戶、私企都屬於這類企業。
結成夥伴關系
合夥企業是由幾個人、幾十人甚至幾百人創辦的企業。它不同於所有權和管理權分離的公司。它通常通過合同或協議來組織，其結構是不穩定的。合夥人對整個合夥企業所欠債務承擔無限責任。合夥不如獨資自由，通常由合夥人集體決策，但在企業規模上有壹定優勢。
上述兩類企業均為自然人企業，投資者對企業承擔無限責任。
夥伴關系的特點:
(1)《合夥企業法》規定，各合夥人對企業的債務承擔無限連帶責任(壹方合夥人不能償還到期債務的，其他合夥人承擔連帶責任)。
(2)法律還規定，合夥人轉讓股權需要征得其他合夥人的同意，有時甚至需要修改合夥協議，因此轉讓股權比較困難。
公司
公司制企業是所有權和經營權相分離的企業，出資人以出資額對公司承擔有限責任。主要包括有限責任公司和股份有限公司。
有限責任公司是指由少數股東設立，不發行股票的公司(壹般由兩個以上股東設立，但股東人數不超過50人)。其資本不需要分成等額股份，股東轉讓股份時受到壹定的限制。
在有限責任公司中，董事和高級管理人員往往具有股東的地位，這使得所有權和經營權的分離程度不如股份有限公司高。有限責任公司的財務狀況不需要向社會公開，公司設立和解散的程序也比較簡單，管理機構也比較簡單，比較適合中小企業。
股份有限公司是指註冊資本總額由等額股份組成，通過發行股票(或認股權證)籌集資本，以其全部資產對債務承擔有限責任的企業法人。
其主要特點是:公司資本總額分為等額股份；股東以其認購的股份對公司承擔有限責任，公司以其全部資產對公司債務承擔責任；每股壹票，股東以所持股份享有權利，承擔義務。
參考資料:
百度百科-企業組織形式