沿海公安邊防總隊、海警支隊、海警大隊辦理海上治安案件和刑事案件，分別行使地(市)級人民政府公安機關、縣級人民政府公安機關和公安派出所相應的職權。第四條公安邊防警察對在我國水域、領海、毗連區、專屬經濟區和大陸架違反治安管理法律、法規和規章的違法行為或者涉嫌犯罪行為，依照我國有關法律、法規和規章行使管轄權。第五條公安邊防警察應當加強與外事、海軍、海關、漁政、海事、海監等有關部門的協作配合。第二章職責權限第六條公安邊防海警依法履行下列職責:
(壹)預防、制止和調查海上違法犯罪活動，維護國家安全和海上公共秩序；
(二)負責海上重要目標的安全保衛；
(三)參加海上搶險救援，保護公共財產和公民人身財產安全；
(四)按照規定開展海上執法合作；
(五)法律、行政法規和公安部依法賦予的其他職責。第七條公安邊防海警執行前條規定的職責時，可以依法行使下列職權:
(壹)查處違反海上治安管理法律、法規和規章的治安案件；
(二)偵查由公安機關管轄的發生在海上的刑事案件；
(三)對違反治安管理法律、法規或者有犯罪嫌疑的人員以及與違法犯罪行為有關的工具、物品采取登船、檢查、逮捕、拘留等措施；
(四)為了預防和懲治在我國陸地領土、內水、領海內的危害安全、走私、非法越國(邊)境等違法犯罪行為，對毗鄰地區實行管制；
(五)對違反治安管理法律法規或者有犯罪嫌疑的外國船舶實施緊追；
(六)法律、法規規定由公安機關行使的其他職權。第八條對涉嫌違法犯罪的人員，公安邊防海警可以依照《中華人民共和國人民警察法》和《公安機關適用連續訊問規定》行使現場訊問、檢查和連續訊問的權利。
經公安邊防總隊批準，海警支隊可以在有條件的海警大隊設立候船室。第九條為了及時有效制止違法犯罪行為，公安邊防海警可以根據《中華人民共和國人民警察使用警械和武器條例》使用警械和武器。第三章管轄分工第十條沿海公安邊防總隊管轄的海域，由公安部邊防管理局劃定。海警支隊管轄海域由公安邊防總隊劃定，報公安部邊防管理局和當地省、自治區、直轄市公安廳、局備案，並通報海軍、海關、漁政、海事、海監等有關部門。
沿海地區海事公安機關和港航公安機關管轄區域不變。第十壹條在劃定管轄海域時，應當充分考慮執法和辦案的需要，不能受行政區劃劃分的限制。第十二條海上壹般治安案件由違法行為發生海域的海警大隊管轄；重大、復雜、涉外治安案件由違法行為發生海域的海警支隊管轄；發生在海上的刑事案件，由犯罪行為發生海域的海警支隊管轄。
同壹省、自治區、直轄市的跨海警察支隊管轄海域的治安案件和刑事案件，由違法犯罪行為發生地海域的海警支隊協商決定；協商不成的，由公安邊防總隊指定管轄。
省、自治區、直轄市管轄海域的治安案件和刑事案件，由違法犯罪行為發生海域的公安邊防總隊協商決定；協商不成的，由公安部邊防管理局指定管轄。
由犯罪嫌疑人住所地或者主要犯罪行為發生地的公安機關管轄更為適宜的，可以由犯罪嫌疑人住所地或者主要犯罪行為發生地的公安機關管轄；管轄有爭議或者情況特殊的治安案件和刑事案件，由地(市)級、省級公安機關或者公安部指定管轄。
對於需要移交犯罪嫌疑人居住地或者主要犯罪行為發生地管轄的公安機關的案件，公安邊防海警應當將犯罪嫌疑人連同扣押的涉案貨物、物品、交通工具、案卷壹並移交。