(1)辦公室。
負責文電、會議、機要、檔案等機關日常工作；承擔宣傳、信息、保密、信訪、政務公開、財務和資產管理、監督等工作。組織對外經貿發展趨勢和重大問題的研究，提出相關政策建議。
(2)計劃財務部。
負責編制並組織實施外貿發展戰略、中長期發展規劃和年度外貿指導計劃；會同有關部門實施外匯、稅收、金融、價格、保險等外貿政策，監測、統計和分析外貿宏觀運行情況；會同有關部門管理專項資金；負責機關及直屬單位的財務檢查和內部審計。
(3)政策法規司。
起草有關地方性法規草案；承擔相關規範性文件的合法性審查工作；承辦相關的行政復議和行政訴訟；依法承擔經營者集中行為調查等反壟斷相關工作；會同有關部門處理涉外知識產權和貿易糾紛；牽頭協調整頓和規範外貿市場秩序；承擔本系統的法制宣傳教育。
(4)外貿發展部。
牽頭擬定國際(海外)市場開發計劃；推廣電子商務等新型貿易方式；承擔協調和促進外向型民營企業發展的相關工作；促進出口市場多元化戰略的實施；指導和監督國內對外商品交易會和展覽會，在國外舉辦商品交易會和研討會；協調和指導對臺貿易。
(5)對外貿易管理辦公室。
組織實施除機電產品以外的進出口商品目錄；承辦進出口企業經營資格和國際貨運代理資格的備案；依法審查申請進出口限制類商品的企業資格；組織實施重要工業品、原材料和重要農產品(糧食、棉花除外)的進出口計劃，以及進出口商品配額、關稅配額計劃；根據授權辦理進出口許可證事宜；協調對港澳配額商品供應。
(6)服務貿易辦公室。
牽頭制定服務貿易發展規劃和政策，會同有關部門制定政策、規劃並組織實施，促進服務貿易進出口；承擔服務貿易進出口管理、推廣和統計工作。
(七)機電產品進出口辦公室(省機電產品進出口辦公室)。
管理機電產品進口目錄；擬定進口機電產品和成套設備的招標辦法並組織實施；負責機電產品國際招標的監督和協調；處理授權許可事項及相關審核工作；承擔促進機電產品國際市場發展的相關工作。
(8)科技發展和技術貿易司。
組織實施科技興貿戰略和國際品牌建設；承擔技術進出口和兩用物項的審批；協調推動高新技術和自主品牌企業開拓國際市場；指導本省科技興貿創新基地建設和外經貿系統科技創新工作；組織實施優化高新技術產品進出口結構工作。
(9)外國投資促進辦公室。
負責協調和指導全省招商引資和招商引資工作；參與制定促進外商投資和改善本省投資環境的政策措施；制定本省招商引資計劃，組織實施吸引外資的重大項目；負責與海外投資促進機構的溝通。
(10)外商投資管理辦公室。
參與制定本省外商投資發展戰略和中長期規劃，制定年度指導性計劃並組織實施；參與制定外商投資政策和管理法規；會同有關部門制定並組織實施服務外包發展規劃和政策；按照省級管理權限，承擔限額內不實行綜合平衡管理的鼓勵類和允許類外商投資項目與合同、章程的備案合並；按照有關規定批準或上報外商投資項目章程和法律特別規定的重大變更；在省級管理權限內頒發外商投資企業、港澳臺商投資企業批準證書和鼓勵類外商投資項目確認證書；依法監督檢查外商投資企業執行法律、法規、合同和章程的情況，協調解決有關問題；承辦外商投資統計工作；組織協調有關部門對外商投資企業進行聯合年檢。
(11)加工貿易辦公室。
加工貿易的宏觀管理；負責省級權限內加工貿易業務的審批；指導和管理外商投資企業和加工貿易企業的進出口工作；編制並組織實施外商投資企業和加工貿易企業涉及國家配額、許可證管理的進出口商品計劃；承擔加工貿易的統計工作。
(12)開發區管理辦公室。
牽頭制定並組織實施經濟技術開發區、保稅區、出口加工區等各類經濟開發區的發展規劃和政策措施，綜合協調和指導各類開發區的相關工作；綜合研究分析各類開發區發展中的重大問題，定期向省人民政府和商務部提交相關信息並提出政策建議。
(13)對外經濟合作辦公室。
擬訂並組織實施對外經濟合作和對外援助的發展規劃、相關政策和管理措施；依法管理和監督境外投資、對外承包工程、對外勞務合作、設計咨詢等對外經濟合作業務；審查省內企業到境外投資開辦企業(金融企業除外)和對外經濟合作企業的經營資格；承擔境外勞務服務和境外員工權益保護的相關工作；承辦對外直接投資、對外承包工程、對外勞務合作和境外就業統計；指導援外業務發展，監督檢查本省承擔的援外項目實施情況。
(14)公平進出口貿易局。
綜合協調全省有關世界貿易組織和自由貿易區事務的具體工作；負責反傾銷、反補貼、保障措施和產業損害調查等與進出口公平貿易相關的工作；指導和協調對我國出口商品反傾銷、反補貼、保障措施等貿易救濟調查的應訴及相關工作，指導和應對國外技術性貿易壁壘；參與對進口產品的反傾銷、反補貼和保障措施的調查；參與實施貿易救濟措施；建立公平進出口貿易和產業損害預警機制，維護產業安全。
(15)陸地和空中港口。
承擔公路、鐵路、航空口岸、港澳貨運車輛檢驗場的開設、關閉和調整的審核管理工作；組織指導陸空口岸查驗方式和監管模式改革，承擔粵港、粵澳陸空口岸合作；對外貿貨車進出境運輸實行宏觀管理。
(十六)口岸辦公室。
承擔口岸開放、關閉和調整的審核和管理工作；組織實施口岸查驗方式和監管模式改革，承擔粵港澳口岸合作；依法實施全省沿海采砂、采石出口作業和港澳船舶進出全省沿海采砂、采石作業的審核；帶頭組織創建文明港口等活動。
(17)外匯兌換處。
依法承辦境外非企業經濟組織在本省設立常駐代表機構的審批業務；參與全省對外經濟貿易和口岸重要外事活動；聯系和安排領導人外事活動計劃和重要客人的接待；指導本系統的外事和對外交往工作。
(十八)人事處(下設黨委辦公室和離退休人員服務辦公室)。
負責機關及直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、黨群服務、離退休人員、安全保衛等工作；參與實施國際商務職業資格制度；指導外經貿行業商會和協會的工作。