政策法規司:制定並組織實施本系統依法行政和稅收管理工作計劃；組織實施涉及多個稅種的綜合稅收政策；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦局外綜合性稅收政策文件工作；承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查；組織實施稅收執法責任制和稅收執法過錯責任追究制，承擔稅收執法質量考核。
貨物和勞務稅科:組織實施本系統增值稅、消費稅、車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；管理增值稅專用發票；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。組織實施本系統的進出口稅收管理，制定和實施稅收管理的具體實施辦法；承辦出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；組織對進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合相關部門開展反騙稅工作。
所得稅部門:組織實施本系統企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施分類管理、納稅評估、稅源管理、稅基管理和相關稅種匯算清繳等措施；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。承擔有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的具體實施；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；負責對本市非居民企業稅收政策的執行和日常管理進行指導、監督和檢查。
收入會計部:負責編制和分配年度稅收計劃，分配和發放免稅計劃；負責國庫對賬，監督檢查稅款的繳納和退還；開展稅收收入分析預測、稅收預警、稅收收入能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用，發布本級稅收數據。
納稅服務科(納稅服務中心):組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織、協調和實施對納稅人的稅法宣傳、納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟；組織實施納稅人權益保護制度和規範性文件，指導稅務糾紛調解；組織實施納稅信用體系建設；組織實施納稅服務評估和外部評議。納稅服務部門應當掛上納稅服務中心的牌子，負責組織實施對納稅人的政策宣傳、培訓和輔導；負責12366納稅服務熱線遠程席位和短信系統的日常管理並提供咨詢服務；受理納稅服務投訴和舉報，組織除稅務行政復議和應訴以外的法律援助和救濟服務，承辦稅務糾紛調解；組織開展納稅人納稅服務需求和社會滿意度調查。
稅收征管科:組織實施綜合性稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織實施綜合納稅評估方法，牽頭組織稅收征管分析和風險管理，承擔稅收征管質量評估；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票的管理和稅控裝置的推廣應用；組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
財務管理部:組織實施會計核算和會計基礎規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；承辦本系統、本機關的資金管理、財務管理、基本建設、資產管理、政府采購和服裝管理；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購和領導幹部經濟責任審計，監督各項審計結論的落實。
人事科:組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；制定年度檢查工作計劃，組織檢查工作。
教育部門:組織實施本系統的思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估。
監察室:組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；組織實施本系統的紀律檢查和行政監督；監督檢查本系統各級領導班子及其成員維護黨的紀律、執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政建設情況；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作；加強政風建設。紀檢組和監察室壹起工作，壹個機構，兩個名字。
機關黨委辦公室:負責機關及直屬單位黨建和工會、團委、婦委會等群眾組織工作；承擔機關精神文明建設和機關思想政治工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；承擔機關的統戰工作；指導系統的黨建工作。
離退休幹部科:承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統離退休幹部的工作。稽查局:組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查和稅收專項整治；指導和協調本系統的稅務檢查工作。
車輛購置稅征管分局:組織實施車輛購置稅征管規章制度和規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常稽查和納稅服務；承擔車輛稅收的綜合征管；就各類車輛的最低應課稅價值提出建議；管理車輛購置稅票。
直屬稅務局(大型企業稅務管理局):承擔規模以上企業納稅服務、稅源管理、納稅評估和日常檢查；承擔匯總納稅企業日常稅務檢查的相關工作。承擔納稅申報核查、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務和稅款征收、催繳、壹般違法行為處理等工作。信息中心:落實稅務管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本系統的信息安全管理和實施。
代理服務中心:承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；參與機構後勤系統的改革；指導本系統的物流服務。
票證中心:負責稅票、增值稅專用發票和普通發票的計劃、領取、發放和保管。