縣級以上人民政府交通行政主管部門主管本行政區域內的水路交通工作，其所屬的航務管理機構和海事管理機構具體負責本行政區域內的水路交通管理工作。
縣級以上人民政府有關部門應當按照法定職責，做好水路交通管理工作。第二章規劃與建設第五條水路交通發展規劃應當服從交通發展綜合規劃，並與水資源綜合利用規劃、土地利用總體規劃等其他相關規劃相銜接。第六條省水路交通發展規劃由省人民政府交通主管部門編制。征求有關部門意見後，報省人民政府審批，並報國務院交通運輸行政主管部門備案。
縣級以上水路交通發展規劃由同級交通行政主管部門組織編制，征求有關部門意見，經上壹級交通行政主管部門批準後，報同級人民政府審批。第七條水路交通建設應當註重生態環境保護，符合水路交通發展規劃、基本建設程序、通航技術標準和防洪安全的要求。需要用地的，應當依法辦理相關手續。第八條縣級以上人民政府應當加大投入，加快水路交通基礎設施的建設和維護，保障水路交通安全暢通。
鼓勵社會資金投資水路交通建設。第九條設立渡口應當經渡口所在地縣級人民政府審批。
跨行政區域渡口的設立，由渡口所在地的縣級人民政府協商批準。
審批前，當地海事管理機構應當對渡口的安全條件和申請人的安全管理能力進行論證。第三章運輸和運輸服務第十條從事水路運輸、水路運輸服務和船舶經營活動的單位或者個人，應當依法向縣級以上航運管理機構申請水路運輸許可和水路運輸服務許可。
水路運輸企業和其他從事營業性水路運輸的單位和個人，應當持營業執照到原頒發水路運輸許可證的航務管理機構，按擁有船舶數量領取單船船舶營業運輸許可證。船舶營業運輸證書應當隨船攜帶。
禁止塗改、轉讓水路運輸許可證、水路運輸服務許可證和船舶營業運輸許可證。
禁止非營運船舶從事商業運輸。第十壹條從事營業運輸的水路運輸企業應當符合國家規定的條件。
水路運輸企業以外的單位和個人從事營業性運輸，應當具備下列條件:
(壹)適航的船舶。
(二)有持有相應適任證書的駕駛員和工程師；
(三)有2萬元以上的流動資金；
(四)法律法規規定的其他條件。第十二條在國家和省規定使用標準船型通航水域經營水路運輸業務的，經營者應當使用標準船型。
省標準船型由省有關部門依法公布。第十三條客船應當按照水路運輸許可證核定的班次、航線和目的地營運；未經原批準的航運管理機構同意，不得擅自取消或變更船舶的班次、航線和目的地。第十四條從事水路運輸、水路運輸服務和船舶管理業的經營者合並、分立或者變更經營項目、經營範圍的，應當向原批準的航運管理機構重新申請水路運輸許可證或者水路運輸服務許可證；企業變更名稱、法定代表人的，應當到原批準的航運管理機構辦理變更登記手續。
從事水路運輸、水路運輸服務和船舶管理行業的經營者歇業，應當向原批準的航運管理機構備案。
營業性運輸船舶轉讓的，原船舶營業運輸證持有人應當到原批準的航運管理機構辦理註銷登記手續。第四章航道管理和維護第十五條航道管理機構應當加強對航道和航道設施的維護，保持航道暢通和航道設施完好，並及時向有關單位發布航道變化、航標移動、航道尺度和航道維護工程建設的通告。第十六條在通航水域或者規劃通航水域整治航道，修建臨江碼頭、跨河橋梁、攔河閘壩等建築物或者構築物，應當符合國家規定的通航標準和技術要求，並事先征求交通行政主管部門的意見，交通行政主管部門應當及時予以答復。