本條例所稱國內水路運輸(以下簡稱水路運輸)，是指始發港、停靠港和目的港均在中華人民共和國管轄的通航水域內的營業性旅客運輸和貨物運輸。
本條例所稱水路運輸輔助業務，是指直接為水路運輸提供服務的船舶管理、船舶代理、水路旅客運輸代理、水路貨物運輸代理等經營活動。第三條國家鼓勵和保護水路運輸市場的公平競爭，禁止壟斷和不正當競爭。
國家運用經濟、技術政策和其他措施，支持和鼓勵水路運輸經營者實行規模化、集約化經營，促進水路運輸業結構調整；支持和鼓勵水路運輸經營者采用先進適用的水路運輸設備和技術，保障運輸安全，促進節能減排。
國家保護水路運輸經營者、旅客和托運人的合法權益。第四條國務院交通主管部門主管全國水路運輸管理工作。
縣級以上地方人民政府交通主管部門主管本行政區域內的水路運輸管理工作。縣級以上地方人民政府負責水路運輸管理的部門或者機構(以下簡稱水路運輸管理部門)承擔本條例規定的水路運輸管理工作。第五條水路運輸及其輔助業務經營者應當遵守法律法規，誠實守信。
國務院交通運輸主管部門和水路運輸管理主管部門應當依法對水路運輸市場進行監督管理，對水路運輸及其輔助業務的違法經營活動進行處罰，建立經營者信用管理制度，並及時向社會公布監督檢查情況。第二章水路運輸經營者第六條申請經營水路運輸業務，除本條例第七條規定的情形外，申請人應當具備下列條件:
(壹)具有企業法人資格；
(二)有符合本條例第十三條規定的船舶，自有船舶運力符合國務院交通主管部門的規定；
(三)有明確的經營範圍，申請經營水路客運的，還應當有可行的航線經營計劃；
(四)有與其申請的業務範圍和船舶運力相適應的海事和維修管理人員；
(五)與其直接訂立勞動合同的高級船員占全體船員的比例符合國務院交通主管部門的規定；
(六)有健全的安全管理制度；
(七)法律、行政法規規定的其他條件。第七條個人可以申請經營內河普通貨物運輸業務。
申請經營內河普通貨物運輸業務的個人，應當擁有符合本條例第十三條規定且噸位不超過國務院交通主管部門要求的自有船舶，並符合本條例第六條第(六)項、第(七)項規定的條件。第八條從事水路運輸經營，應當按照國務院交通主管部門的規定，經國務院交通主管部門或者設區的市級以上地方人民政府水路運輸管理部門批準。
申請經營水路運輸業務，應當向前款規定的審批機關提交申請書和證明申請人符合本條例第六條或者第七條規定條件的有關材料。
審批部門應當自受理申請之日起30個工作日內審查完畢，並作出是否許可的決定。準予許可的，發給水路運輸經營許可證，並對申請投入營運的船舶發給船舶營運證；不予許可的，應當書面通知申請人並說明理由。
取得水路運輸經營許可證的，應當持水路運輸經營許可證依法向工商行政管理部門登記後，方可從事水路運輸經營活動。第九條各級交通主管部門應當做好水路運輸市場的統計、調查和分析工作，定期公布水路運輸市場供求情況。第十條為保障水路運輸安全，維護水路運輸市場公平競爭秩序，國務院交通主管部門根據水路運輸市場監測情況，可以決定暫停特定客貨班輪運輸和散裝液體危險貨物運輸航線、水域新增運力許可。
采取前款規定的運力控制措施，應當符合公開、公平、公正的原則，並在實施前60日向社會公告，說明采取措施的理由以及采取措施的範圍和期限。第十壹條外國企業、其他經濟組織和個人不得經營水路運輸業務，也不得租用中國籍船舶或艙位變相經營水路運輸業務。
香港特別行政區、澳門特別行政區和臺灣省的企業、其他經濟組織和個人參照適用前款規定，國務院另有規定的除外。