自治州的藏傳佛教事務按照分級管理與屬地管理相結合、政府依法管理與寺廟自辦相結合的原則進行管理。第三條自治州的壹切佛教組織、佛教活動、教職人員和信教公民應當遵守憲法、法律和法規，自覺維護國家統壹、民族團結和社會穩定。藏傳佛教寺院不得恢復或者變相恢復已經廢除的封建特權和寺院之間的隸屬關系。第四條任何組織和個人不得利用藏傳佛教進行危害國家安全、公共安全、妨害社會管理秩序、侵犯公民人身權利和民主權利、侵犯公私財產的活動，不得利用藏傳佛教幹擾國家行政、司法、教育、婚姻、計劃生育等制度的執行和科學技術的推廣，不得利用藏傳佛教幹擾農牧民和個體工商戶的生產經營活動。第五條藏傳佛教事務堅持獨立自主自辦的原則，不受外國勢力和個人的支配。第二章政府管理和服務第六條自治州、縣、鄉(鎮)人民政府應當加強對藏傳佛教事務的管理和服務，對寺廟基礎設施、文物保護、治安聯防、醫療衛生、治安等事項進行管理、監督和服務，為藏傳佛教文化的傳承和發展提供必要的支持。第七條自治州、縣人民政府和鄉(鎮)人民政府的宗教事務部門應當履行下列職責:
(壹)對藏傳佛教教職人員和信眾進行憲法、法律法規和民族宗教政策的宣傳教育；
(二)定期對藏傳佛教寺院的廣播電視、互聯網、印刷品和音像制品進行監督檢查；
(三)協調處理藏傳佛教寺院的有關事宜，督促寺院健全完善各項內部管理制度，保障教職員工依法依規開展各項佛教活動；
(四)協助培訓、培養和教育藏傳佛教寺院工作人員；
(五)指導寺廟民主管理委員會和群眾監督評議委員會的換屆選舉工作。第八條自治州、縣人民政府有關部門應當按照各自職責，充分發揮服務職能，做好以下工作:
(壹)建設、國土資源部門統籌安排，將藏傳佛教寺院基礎設施建設納入當地基礎設施建設規劃，規範藏傳佛教寺院土地使用登記，協助建立相關檔案；
(二)公安、文化、新聞出版、消防等部門應當建立寺廟治安、消防和文化管理機制，加強教職員工的戶籍和出入境管理，規範藏傳佛教寺院的廣播電視和出版物管理，支持和幫助藏傳佛教寺院做好文物發掘、鑒定和保護工作，定期對藏傳佛教活動場所進行消防安全檢查；
(三)衛生、民政、社會保障等部門應當根據法律和政策規定，健全和完善教職工醫療、社會救濟、養老保險等保障制度；
(四)工商、文化、旅遊、衛生等部門應當支持和管理藏傳佛教寺院興辦宗教文化旅遊和開辦商店、印刷、診所等經營活動。第三章佛教協會第九條佛教協會是由佛教教職人員和信教公民組成的依法登記的社會團體。第十條佛教協會的主要職責是:
(壹)遵守憲法、法律和國家有關規定，在法律、法規和章程規定的範圍內開展活動；
(二)對藏傳佛教教職人員和信眾進行愛國主義教育、民族宗教政策教育和法制宣傳教育；
(三)依照有關法律、法規和政策，審查、認定和撤銷藏傳佛教教職人員的身份；
(四)指導活佛轉世靈童的搜尋和鑒定以及活佛轉世靈童的學習、修行、教育和管理工作；
(五)指導藏傳佛教活動場所的教育活動；
(六)組織藏傳佛教文化的學術研究和交流；
(七)向本級人民政府宗教事務部門反映藏傳佛教教職人員和信教群眾的意願和要求，提出意見和建議。第十壹條佛教協會編寫內部資料性出版物，應當按照有關規定履行審批手續。第四章寺廟民主管理委員會和群眾監督評議委員會第十二條藏傳佛教寺院應當設立寺廟民主管理委員會(以下簡稱民管委)。管委會委員由五至九人組成，任期五年，可以連選連任。特殊情況下，經當地縣級人民政府宗教事務部門同意，換屆選舉可以提前或者延期。
民管會成員應當愛國、守法、公正，具有壹定的佛教知識和組織管理能力，在教職員工和信教公民中有較高威望。
民管委應當接受當地縣人民政府宗教事務部門和鄉(鎮)人民政府的管理，並接受佛教協會在宗教事務方面的指導。