(二)制定並組織實施全市環境保護規劃和年度計劃；組織制定國家、省、市確定的重點區域和重點流域的汙染防治規劃並監督實施；組織制定本市環境功能區劃。
(三)負責國家、省、市減排目標的落實。根據國家、省、市核定的主要汙染物總量減排目標，組織制定主要汙染物排放總量控制計劃並監督實施；督促核實各區縣(市)及相關單位汙染物減排任務完成情況；會同有關部門組織全市汙染源普查；實施主要汙染物總量減排、生態建設和環境保護目標責任制考核，並公布結果。
(四)負責從源頭上防治環境汙染和環境破壞。受市政府委托，組織重大經濟技術政策、發展規劃和重大經濟發展計劃的環境影響評價；開展相關規劃環境影響評價審查；按照規定審批建設項目的環境影響評價文件；監督建設項目汙染防治“三同時”制度的執行情況。
(五)負責全市環境汙染防治的監督管理。監督水汙染、大氣汙染、土壤汙染、噪聲汙染、光汙染、固體廢物汙染、有毒有害化學品汙染和機動車汙染的防治，會同有關部門對飲用水源環境保護進行監督管理；組織協調重點流域和區域的汙染防治工作；負責排汙申報登記、排汙許可證管理和排汙費管理；組織主要汙染物排汙權交易。
(六)指導、協調和監督全市生態保護工作。組織制定全市生態保護規劃並監督實施；組織評價生態環境質量；監督管理自然資源開發利用、重要生態環境建設和對生態環境有影響的生態破壞修復；負責全市生態補償機制建設，組織協調農村生態環境保護工作；協調和指導城鄉環境綜合整治；組織各類生態創建工作。
(七)負責輻射環境安全的監督管理。監督管理核技術應用、放射性同位素和射線裝置輻射安全與防護、電磁輻射環境保護；監督檢查伴生放射性礦開發利用中的放射性汙染防治；牽頭協調重大輻射汙染事故應急處理工作。
(八)負責環境監測和檢查。組織環境保護執法監督檢查，牽頭協調重大環境汙染事故和生態破壞事件的調查和應急處置；協調解決行政區域和流域間的環境汙染糾紛。
(九)負責環境監測和信息發布。監督環境監測體系和相關規範的實施；負責全市環境監測網絡和信息系統的建設和管理；組織環境質量的調查、評價和預測；組織編寫環境質量報告，發布環境狀況公報和重大環境信息。
(十)負責提出政府環境保護財政安排的初步意見；監督管理汙染源治理專項資金的使用；監督管理全市排汙費的征收和使用。
(十壹)負責環境保護科技管理工作。組織環境保護科學技術研究，負責推廣環境保護應用技術示範項目；組織環境保護方面的國際合作與交流。
(十二)組織協調環境保護宣傳教育。制定並組織實施環境保護宣傳教育計劃，開展生態文明和環境友好型社會建設相關宣傳教育工作，促進公眾和社會組織參與環境保護。
(十三)指導和協調區、縣(市)、市級國家級開發區(度假區)和杭州西湖風景名勝區的環境保護工作；開展地方政府領導班子和領導幹部環境績效評價；協助區、縣(市)黨委領導幹部組織部門管理環境保護行政主管部門。
(十四)承辦市政府交辦的其他工作。