本條例所稱農業生態環境，是指農業生物賴以生存和繁衍的各種自然和人工改造的自然因素的總和，包括土壤、水、大氣和生物。第三條農業生態環境保護應當統壹規劃，預防為主，教育與管理並重，源頭控制與綜合治理相結合。
各級人民政府應當按照建設社會主義新農村的要求，將農業生態環境保護納入國民經濟和社會發展規劃，加強農業生態環境建設，建立健全農業生態環境保護體系，提高農業生態環境保護科技水平，組織農業生態環境綜合治理，落實農業生態環境保護目標責任，促進農業生態環境與經濟社會發展相協調。
各級人民政府應當加強農業生態環境保護的宣傳教育，普及農業生態環境保護的科學知識，引導公民、企事業單位參與農業生態環境保護，增強全社會的農業生態環境保護意識和法制觀念。第四條任何單位和個人有權對汙染和破壞農業生態環境的行為進行檢舉和控告。
對保護農業生態環境做出顯著成績的單位和個人，由人民政府給予表彰和獎勵。第五條縣級以上人民政府應當將農業生態環境保護經費列入財政預算，並根據當地社會經濟發展的需要，增加對農業生態環境保護的投入。
建立和完善農業生態補償機制。逐步實施畜禽養殖廢棄物和農作物稭稈綜合利用、農業投入品廢棄物循環利用、生物農藥和生物有機肥推廣使用等農業生態補償。具體辦法由省人民政府制定。第六條縣級以上人民政府農業行政主管部門(以下簡稱農業行政主管部門)在職責範圍內負責農業生態環境保護的具體監督管理；環境保護行政主管部門對環境保護工作實施統壹監督管理。
縣級以上人民政府林業、水等有關行政主管部門應當根據各自職責，協助做好農業生態環境保護的相關工作。
鄉鎮人民政府、村民委員會和農村集體經濟組織應當在其職責範圍內，指導、幫助和教育當地村民開展農業生態環境保護活動。第七條農業行政主管部門應當加強農業生態環境監測網絡建設，會同環境保護行政主管部門組織農業生態環境質量監測和評價，定期向同級人民政府報告農業生態環境狀況和發展趨勢。第八條農業行政主管部門所屬的農業生態環境保護機構必須嚴格履行農業生態環境保護監督管理職責，其專職或兼職農業生態環境檢查員承擔農業生態環境監督工作。第九條農業行政主管部門應當加強耕地質量保護，定期監測耕地質量，引導和幫助農民和農業生產經營組織合理利用農用地，推廣測土配方施肥等先進技術。
農民和農業生產經營組織要科學培肥地力，增施綠肥、農家肥、土雜肥等有機肥，合理使用化肥、微生物肥料和土壤調理劑，防止農用地汙染破壞和土壤肥力下降。第十條縣級以上人民政府及其農業行政主管部門應當對農產品環境質量實行分類管理。
在農產品環境安全區域內，應當采取有效措施防止各種汙染源對農產品環境的汙染。
農產品產地環境警示區應當開展環境汙染綜合整治，減少或者消除汙染，改善農產品產地環境質量。
農產品產地環境汙染地區應調整農業產業結構。因汙染嚴重不適宜農產品生產的，人民政府應當依法調整土地用途。第十壹條復合肥、配方肥、精制有機肥、土壤調酸劑和植物生長調節劑的生產經營實行登記管理。申請登記的，申請人應當提供具有相應資質的單位出具的安全、健康和環境影響評價報告；不符合農業生態環境保護要求的，登記機關不予登記。
向農民和農業生產經營組織提供作為肥料的城市垃圾、粉煤灰和汙泥，必須符合國家有關標準；不符合標準的，不得提供和應用。第十二條使用農藥應當嚴格遵守國家有關農藥安全使用的規定。鼓勵和支持農民和農業生產經營組織在農業生產過程中使用高效、低毒、低殘留農藥和生物農藥，推廣應用農作物病蟲害和鼠害綜合防治技術。
禁止在蔬菜、瓜果、茶葉、中藥材、糧食、油料等農產品生產中使用劇毒、高毒、高殘留農藥。農業行政主管部門應當定期公布國家明令淘汰和禁止生產、銷售、使用的農藥品種目錄。
鼓勵農民和農業生產經營組織使用環保農膜。農民和農業生產經營組織應當回收含有農藥的容器、包裝物、廢棄農藥和不可降解農膜，不得隨意丟棄。縣級以上人民政府及其農業、環境保護行政主管部門應當設立相應的廢棄物回收點，定期進行集中處理。回收的具體辦法和相關獎勵措施由省人民政府制定。